Оба варианта верны, но они имеют разные смысловые оттенки.
При взаимодействии с врачами = во время взаимодействия с врачами. Во взаимодействии с врачами = в совместной с врачами деятельности.
Выбор зависит от контекста. Например: трудиться на уборочных работах, участвовать в уборочной кампании.
Корректны оба варианта.
Обособление приложения главного бухгалтера А.А. Петрова придаст ему характер попутного замечания: важно, что это был ключ работника компании, а что это за работник — информация второстепенная. Если важно именование конкретного работника, приложение выделять не нужно. Правда, в этом случае возникнет двусмысленность: фрагмент можно прочитать и как работника компании (чьей?) главного бухгалтера А.А. Петрова; возможно, потребуется перестроить предложение.
Слово фактически не является вводным и не требует обособления.
Правильно: на автобазу.
