Корректно: особый отдел краснознаменного Балтийского флота. 

Междометия занимают особое положение в системе частей речи. Они не относятся ни к самостоятельным, ни к служебным словам.

Вопрос о частеречной принадлежности звукоподражательных слов по-разному решается лингвистами. Звукоподражания тоже занимают особое место в грамматической системе русского языка, и по некоторым признакам междометия и звукоподражательные слова можно сблизить, но нельзя сказать, что это одна и та же часть речи. Наиболее корректной представляется формулировка, выбранная авторами академической «Русской грамматики» (1980) (ключевые слова выделены нами): «По ряду признаков к междометиям примыкают звукоподражания, представляющие собой условные преднамеренные воспроизведения звучаний, сопровождающих действия, производимые человеком, животным или предметом».

Да, сочетание глагола "выздороветь" с предлогом "от" возможно, например: ...он как будто чувствует, что мне нужна помощь, что я еще не совсем выздоровел от своей прежней тяжкой болезни [М. Е. Салтыков-Щедрин. Противоречия (1847)]; Он почти выздоровел от ожогов [Л. А. Чарская. Записки институтки (1901)] и т. п.

Верно написание со строчной: Было принято решение созвать церковный собор. Слово собор в значении 'собрание высшего христианского духовенства' всегда пишется со строчной буквы, словосочетание церковный собор не является названием уникального мероприятия и тоже пишется со строчной буквы.

Вот словарные толкования:

ПЛЕБИСЦИТ, -а; м. [лат. plebiscitum - решение народа]
1. В Древнем Риме:
постановление, принимаемое на собраниях плебеев.
2.
Один из видов всенародного голосования, устраиваемого для решения особо важных вопросов; референдум. Провести п. Результат плебисцита. Подготовка к плебисциту. Сорвать п. Перенести п. < Плебисцитарный, -ая, -ое. Плебисцитный, -ая, -ое.

РЕФЕРЕНДУМ, -а; м. [от лат. referendum - то, что должно быть сообщено]
Всенародный опрос, голосование для решения особо важного государственного вопроса. Провести р. о сохранении Советского Союза. Подвести итоги референдума по вопросу о президентстве в России.

В каком контексте?

Предпочтительно мягкое произнесение согласного.

Нет, такая замена правилами не предусмотрена.

Не нужен: Сфотографируй — пригодится.

Мягкий знак писать не нужно.