Русская графика не располагает специальными средствами для обозначения этого специфического звука - "а" на вдохе. Вопрос о том, что было "изначально" - междометие на вдохе или на выдохе, - к сожалению, не имеет надежного решения: мы не можем установить, как именно наши предки произносили это слово.
Слово помощник образовано от слова помощь, которое было заимствовано в литературный язык из церковнославянского, где оно произносилось сначала с [шч’], потом с мягким шипящим [ш’] и соответственно писалось с буквой щ. Но в древнерусском языке, в частности в тех его диалектах, которые составили основу литературного языка (например, в московском говоре), исконным было другое произношение – с мягким [ч’], которое и передавалось буквой ч: помочь. Соответственно возникли параллельные формы с разной огласовкой, но с одинаковым значением – ц.-сл. помощь, помощник и рус. помочь, помочник. Примерно в XV–XVI вв. во многих русских говорах в сочетании [ч’н] произошло фонетическое изменение [ч’] в [ш] и возникло произношение, которое сохраняется в так называемом старомосковском варианте литературного произношения: ср. ску[ш]ный, коне[ш]но, яи[ш]ница и т. д. В этот ряд вписывается и слово помо[ш]ник, которое сохраняет старомосковское произношение с [ш], но пишется с щ, продолжая традицию церковнославянского написания. Так возникло отмеченное Вами несоответствие написания и произношения в данном слове. Похожая ситуация имеет место и в слове всенощная, в котором произношение с [ш’] считается, согласно «Большому орфоэпическому словарю русского языка», недопустимым.
С точки зрения теории русского письма, это явление можно назвать нарушением слогового принципа русского графики, согласно которому звук [ш] должен обозначаться буквой «ш». Называть «подменой», как это сделали Вы, не стоит.
Современной орфографической норме соответствует написание строчными: вуз (см., напр.: Русский орфографический словарь РАН. М., 2005). Это слово уже не воспринимается носителями языка как аббревиатура.
В русском языке междометия не употребляются в качестве первой части сложных слов. (Единственный пример, который удалось вспомнить, это заимствованные слова вроде вау-эффект.) Поэтому мы не рекомендуем использовать такие конструкции в письменной речи.
Судя по всему, здесь как = «поскольку», а потому оборот с этим союзом следует выделить запятыми. Другое дело, что этот оборот в приведенном предложении выглядит излишним, потому что УК — это и есть управляющая компания.
Буква б в этом слове обозначает звонкий согласный [б].
Можно передать произношение как [жжэч], [зжэч] или [шжэч] в зависимости от фонетического окружения слова.
Правильно: заведующий терапевтическим отделением, вуз подготовил специалистов.
Да, согласный с в слове костяника – мягкий. См.: Орфоэпический словарь русского языка / Под ред. Р. И. Аванесова. – 8-е изд., стереотип. – М., 2000.