Обстоятельство после создания альтернативной дороги нужно обособить: оно поясняет обстоятельство в 2014 году. Перед союзом и запятая будет не нужна, если ученым удалось полностью раскрыть мозаику в 2014 году (когда работы были возобновлены), и нужна, если это произошло позже (работы могли вестись не только в течение 2014 года).

По первому предложению: конечно, тире можно не ставить, ссылаясь именно на этот пункт правил. Но если вчитаться в него, то мы заметим, что в нем говорится о вводном слове, но не о вводной конструкции, которая здесь довольно сильно распространена. Тире предпочтительно оставить именно по этой причине: оно ясно сигнализирует о том, что оговорка завершена и сейчас последует сказуемое. В противном же случае различие можно воспринять как однородный член к рознь. Конечно, дочитав предложение до конца, читатель поймет, что это не так, но создавать ему такие дополнительные затруднения ни к чему.

По второму предложению: полагаем, что здесь сочетание запятой и тире является эквивалентом двоеточия. См. ПАС, § 130, прим. 1. Перед нами бессоюзное сложное предложение (каждая часть его представляет собой, в свою очередь, СПП), так что положение этого примечания здесь вполне применимо.

По третьему предложение: это тоже бессоюзное сложное предложение, тире ставится по п. 5 того же параграфа ПАСа.

Верно написание со строчной буквы во всех перечисленных случаях.

Вы правы, именно поэтому название лучше склонять (как того и требует строгая литературная норма).

Да, конечно. Это основное значение предлога у.

Да, правильно.

Верно: На левой стороне дороги находится множество легковых автомобилей и один белый фургон.

В пункте 3 параграфа 2245 академической «Русской грамматики» говорится, что при подлежащих большинство и множество в тех случаях, когда сказуемое предшествует подлежащему, употребляется форма единственного числа сказуемого. Использование такой формы при близких по смыслу однородных подлежащих, связанных союзом и, вполне возможно, сравним примеры из параграфа 190 справочника под ред. Д. Э. Розенталя: На стене висела винтовка и высокая казацкая шапка (Пушкин); В нем [Пушкине], как будто в лексиконе, заключалось всё богатство, сила и гибкость нашего языка (Гоголь); Главной заботой была кухня и обед (Гончаров); И с берега, сквозь шум машины, неслось рокотание и гул (Короленко).

Верно: на южном ходу железной дороги.

В профессиональном языке железнодорожников и в текстах СМИ соответствующей тематики действительно используется термин ход, который обозначает определенные направления, маршруты или линии в железнодорожной сети, например южный ход Транссибирской магистрали. В предложном падеже в профессиональной среде принято использовать форму на южном ходу.