Запятые не требуются.

Сомнения вызывает оборот Начиная Михаилом Фёдоровичем и заканчивая расстрелом (начало периода обозначается именем человека, а финал — событием). Возможно, будет лучше сказать: С начала правления Михаила Федоровича и до расстрела Николая II...

Нежелательно повторение в одном предложении знака тире, когда знаки ставятся на разном основании. Тире может повторяться только в равнозначной позиции. Поэтому первое тире лучше заменить на запятую: Владимир Евгеньевич родился 30 сентября 1968 г. в Архангельске, на родине крупнейшего отечественного мыслителя и основоположника науки — Михаила Васильевича Ломоносова.

У имени Михайло все формы, кроме именительного падежа, образуются по образцу женского рода (как если бы исходная форма была Михайла): у деда Михайлы, с дедом Михайлой.

Правильно: бобровцы.

Правильно: собаки махали хвостом. В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой (М., 2010) указано: форма единственного числа употребляется в значении множественного при указании на то, что одинаковые предметы принадлежат каждому лицу или предмету из целой их группы, напр.: Солдаты стояли с опущенной головой; Ученики писали карандашом (не карандашами).

Сочетние открыть веки корректно и встречается в художественной литературе: у Бориса Житкова, Александра Солженицына, Александра Проханова, Михаила Шишкина и некоторых других писателей. Так что ошибки нет.

Такую фамилию лучше не склонять, т. к. из форм косвенных падежей фамилии сложно будет вывести форму именительного падежа (например, встретив фразу увидел Михаила Чан-Чу, читатель может решить, что фамилия и звучит в именительном падеже как Чан-Чу).

Среди фамилий, оканчивающихся на ударяемое -а, несклоняемы только фамилии французского происхождения: Дюма, Тома, Дега, Люка, Ферма, Гамарра, Петипа и др.

Корректно склонение фамилии Юфа (как в мужском, так и в женском варианте): у Михаила Юфы, о Тамаре Юфе.