А впоследствии - союз и наречие, постановка знаков препинания не требуется.

Вводные слова (может быть, значит) не отделяются запятой от предшествующего сочинительного союза (а), если при этом вводное слово нельзя изъять из состава предложения. В противном случае запятая ставится.

Слова а значит могут также выступать в роли союза, запятая между ними не ставится.

Ваш вариант постановки знаков соответствует правилам, но с коммуникативной точки зрения вызывает вопросы разрыв прямой речи перед несогласованным определением с крышей, относящимся к существительному дом. Рекомендуется контактная позиция этого определения: «Построй нам дом с крышей, — просили они, — и дай нам тень и прохладу в лето и в зиму тепло».

Знаки препинания в схемах предложений с прямой речью Вы ставите правильно. Кроме справочников Д. Э. Розенталя, Вы можете сослаться на «Правила орфографии и пунктуации» 1956 г. и полный академический справочник под ред. В. В. Лопатина. Хотя в тексте правил порядок знаков не оговаривается, примеры однозначно показывают, в каком порядке должны стоять кавычки и другие знаки.

Слишком много знаков. Корректны такие варианты пунктуационного оформления: Это чучело, вернее, его образ художник привез из музея. Это чучело, вернее его образ, художник привез из музея. Это чучело, вернее – его образ, художник привез из музея. Подробнее об оформлении оборотов со словами вернее, точнее см. в «Справочнике по пунктуации» (пункт 2, примечание 3).

На Ваш вопрос нельзя дать короткий ответ. Союз потому что может использоваться по-разному: он может расчленяться и не расчленяться, он может начинать одну придаточную часть и стоять в начале двух однородных придаточных частей сложноподчиненного предложения. Описывая все разнообразие ситуаций, придется перечислить практически все правила постановки знаков препинания в сложноподчиненном предложении, поэтому мы рекомендуем Вам обратиться к правилам. 

В оформлении этого предложения действительно возможны варианты. Сам по себе сравнительный оборот с сочетанием почти как не нужно выделять запятыми (пункт д) параграфа 90 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина), поэтому вариант без знаков препинания является основным. Этот сравнительный оборот, однако, можно интерпретировать как уточнение к темно, а потому вариант с запятой также корректен.

Обороты с производными предлогами типа в соответствии с обычно обособляются, если находятся не в начале и не в конце предложения. Впрочем, это обособление факультативно. Если автор хочет сделать логическое ударение на сочетании в соответствии с законодательством, обособлять его не нужно. О правилах и закономерностях постановки знаков препинания при подобных оборотах см. «Справочник по пунктуации» на нашем портале.

Обороты с производными предлогами типа благодаря обособляются при подчеркивании их смысла, то есть их обособление не обязательно (кроме некоторых особых ситуаций, к которым рассматриваемый случай не относится). Если автор хочет подчеркнуть смысл оборота, он может это сделать с помощью запятой или интонационного тире. Для постановки сразу двух знаков — и запятой, и тире — здесь нет оснований. 

Запятыми выделяются конструкции с союзом как, имеющие дополнительное обстоятельственное значение причины. Обороты, в которых союз как заменим на в качестве, обособлять не следует. В Вашем предложении возможны оба прочтения: документирование генерирует... т. к. является начальным этапом учетного процесса и документирование в качестве начального этапа учетного процесса... Решение принимает автор. От знаков препинания будет зависеть смысл фразы.

Написание зависит от контекста. Ср.: В микрофизике действуют силы, превосходящие гравитацию в невообразимое число раз. Число это округленно содержит 40 знаков и Площадь пола: 135x22,5=3040 кв. м (последнее число округлено). В первом примере содержится слово округленно. Это наречие, оно пишется с двумя н. Во втором – краткое причастие округлено. В кратких причастиях пишется одно н.