Правильно: Хочется отметить оперативную работу сотрудников при ответах на вопросы, возникавшие в ходе подготовки отчетности. Слово вопросы стоит в форме винительного падежа, следовательно, и относящееся к нему определение возникавшие тоже должно стоять в форме винительного падежа.

Это ошибочное употребление слова сутки, которое должно употребляться только с собирательным числительным. Собирательные числительные, как известно, образуются от счетных числительных до 10 и очень редко от 10 до 20 (например: трое суток). Можно сказать 803 дня.

В официальной речи предпочтительно употребление такого названия с родовым словом. В этом случае оно склоняться не будет: связаться с компанией «Прософт-Системы». В разговорной речи допустимо родовое слово опустить. При этом название должно склоняться: связаться с «Прософт-Системами».

Если это название организации, то с прописной буквы должно быть написано только первое слово. К сожалению, часто названия регистрируют в форме, не соответствующей правилам орфографии. В этом случае в официальных документах приходится сохранять закрепленное де-юре написание.

Заголовок построен неудачно. В нем будет устанавливаться ошибочная связь слов: автобус (кого? чей?) школьника (ср. машина заведующего). К тому же при прямом порядке слов дополнение должно стоять после сказуемого. Обратный порядок слов в данном случае неоправдан. 

Прилагательное обозначает непринадлежность группы к числу пустых и должно писаться слитно с не (см. пункт 2 параграфа 148 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Удалить непустую группу.

Конечно, Вы и Ваш сын правы. Обращение здесь не друзья, а друзья мои. Запятой после друзья быть не должно.

Возможно, если нам с Вами не удастся убедить учителя, поможет Пушкин? Друзья мои, прекрасен наш союз!

Логика лингвистическая: инициалы имени и отчества - это разновидность графического сокращения слов. Когда слова сокращаются до первой буквы (инициала) и сокращение заканчивается точкой, то между сокращенными словами ставят пробел. Почему же это правило должно нарушаться для инициалов?

Верно: по регионам (каким?) прилегающим. Причастие согласуется с существительным в роде, числе и падеже. Поскольку существительное стоит в форме множественного числа дательного падежа (регионам), то и причастие прилегающий также должно иметь форму множественного числа дательного падежа (прилегающим).

Слитное написание неясно корректно. Запятая поставлена правильно (только она не выделяет слово неясно, а разделяет части сложного предложения). Обратите внимание на грамматическую ошибку: вместо согласно какого НТД должно быть согласно какому НТД (предлог согласно управляет дательным падежом).