Корректно: Мы должны дать инструмент, который поможет выполнить задачу, и обучить им пользоваться.
В этом предложении фраза «после урагана» является обстоятельством времени, которое относится только к первой части сложносочинённого предложения (наступил штиль). На разновременность действий указывает разный вид глаголов наступил и поднимался. Поэтому запятая нужна: После урагана наступил штиль, и чёрный дым поднимался к безоблачному небу, бросая на воды океана огромную тень в несколько километров.
Да, запятую надо поставить.
Частицы о, ах, а и другие, стоящие перед обращениями, от них не отделяются: Вась, а Вась, пойдем гулять.
Запятые не нужны.
Запятая перед как нужна.
Возможные варианты: Клюв у этой птицы как у настоящей — очень острый и Клюв у этой птицы, как у настоящей, очень острый.
Запятая после ходила нужна.
Запятая стоит правильно.
Обороты, присоединяемые предлогом «наряду с», могут обособляться. О факторах, влияющих на расстановку знаков препинания, см. в Прил. 1 «Справочника по пунктуации».
