Никаких «новых правил 2009 года» не существует. Литературная норма русского языка была и остается: на Украину, с Украины – так следовало говорить и писать до 2009 года, так следует говорить и писать сейчас.

Словари русского языка фиксируют у слова что значение 'по какой причине, почему, зачем' (что ты не едешь?  что задумался?), но с пометой «разг.» (разговорное).

Слово естественно-научный образовано от основ, отношение между которыми носит подчинительный характер (естественные науки), но пишется через дефис. Это далеко не единственное исключение из правила (но, если можно так выразиться, самое «раскрученное»), ср.: гражданско-правовой (хотя гражданское право), уголовно-процессуальный (хотя уголовный процесс), лечебно-физкультурный (хотя лечебная физкультура). Дефисному написанию таких слов способствует наличие в первой основе суффикса относительных прилагательных (-н-, -енн-, -ск-).

Литературная норма: деньга́м, деньга́ми, о деньга́х. Вариант де́ньгам, де́ньгами, о де́ньгах в словарях рассматривается как допустимый, однако устаревающий. Ударение на первом слоге сохраняется в поговорке не в де́ньгах счастье, а также при склонении названия пьесы А. Н. Островского «Бешеные деньги»: в «Бешеных де́ньгах» Островского.

Правильно раздельное написание: условно заменимые аминокислоты. В данном случае перед нами не слово, а словосочетание: заменимые (как?) условно. 

Пишутся слитно прилагательные, образованные из основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер, напр.: железнодорожный (железная дорога), каменноугольный (каменный уголь), сельскохозяйственный. Пишутся через дефис прилагательные, образованные из двух или более основ слов, обозначающих равноправные понятия, напр.: выпукло-вогнутый, садово-огородный, научно-технический, общественно-политический, 

Да, это верно. Полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина указывает: «Недопустимы слитные написания с одной прописной буквой в середине слова». К сожалению, на практике эта норма часто нарушается, и названия некоторых организаций приходится писать так, как они закреплены в уставных документах, даже если это нарушает законы русской орфографии.

Мы рекомендуем следовать орфографическим источникам. Пробел после точки в сокращениях однозначно указывает на то, что сокращено сочетание слов. Эта норма не облечена в форму правила, но примеры указывают на необходимость пробела однозначно. Чтобы убедиться в этом, можно обратиться к «Правилам русской орфографии и пунктуации» 1956 года и 2006 года, к «Справочнику издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой. 

Если части сложного существительного без соединительной главной тесно слились по смыслу, то первая часть не склоняется (например: плащ-палатки). Если такого «слияния» не произошло, то склоняются обе части. Кроме того, некоторые слова могут склоняться по-разному в разговорной и книжной речи. Так, в разговорной речи встречается вариант в вагон-ресторане, тогда как литературная норма: в вагоне-ресторане.

На практике, если возникают сомнения, мы рекомендуем сверяться со словарями.

1. Вариант ба[ссэ]йн допустим. В «Большом орфоэпическом словаре русского языка» М. Л. Каленчук и др. (М., 2012) указано, что твердое произношение звука с в этом слове – младшая орфоэпическая норма, а в «Орфоэпическом словаре русского языка» под ред. Н. А. Еськовой (М., 2015) твердый и мягкий варианты признаны равноправными.

2. В большинстве орфоэпических словарей вариант к[рэ]м не рекомендуется.