В середине текста правильно со строчной, например: в соответствии с постановлением Правительства...
В этих предложениях придаточная часть усечена до одного союзного слова. Запятая в этом случае не нужна: Можете уточнить почему?; Я не знаю где; Я не уверен откуда.
Возможная пунктуация: Исходя из того, что я знаю (а это больше, чем они думают, что я знаю... по крайней мере мне так кажется).
Если название географического объекта употреблено с существительным типа город, озеро и т. д., то это название выполняет функцию приложения: на озере Байкал, в городе Москве. Обратите внимание, что названия городов, сел, деревень, поселков, усадеб, выраженные склоняемым существительным, как правило, согласуются в падеже с определяемым словом.
В других случаях географические названия выполняют другие функции. Так, в предложении Я отдыхаю в Москве предложно-падежная форма в Москве — обстоятельство, а в предложении Москва не сразу строилась существительное Москва — подлежащее.
Все буквы в аббревиатуре ВАС прописные. Что касается других аббревиатур, то в их состав могут входить как прописные, так и строчные буквы. Подробнее см. в «Письмовнике».
Лилия, Лилии, Лилии, Лилию, Лилией, о Лилии.
Верно: со свидетельством.
При официальном титуловании правильно: Патриарх Московский и всея Руси. Вне такого употребления слово патриарх пишется со строчной, например: патриарх Кирилл, прием у патриарха.
Обороты с предлогом независимо от могут обособляться в некоторых случаях (при интонационно-логическом выделении).
