1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!

2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.

Лучше так:

12.00 – обед
13.00 – выступление генерального директора компании по вопросам:

- повышение заработной платы;
- стоит ли устраивать корпоративное празднование Нового года;
- как бороться с опозданием.

Выступают:

Иванов Иван, пресс-секретарь. Иван обладает 15-летним стажем в области налогового планирования. В Компании Иван занимает должность с 2002 года.

Согласно словарям русского языка (см., напр., «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова), мачеха – жена отца по отношению к его детям от предыдущего брака. Пасынок – неродной сын одного из супругов (приходящийся родным другому). Других компонентов (таких как «совместное проживание» и пр.) в значениях этих слов нет.

Да, при неофициальном употреблении (например, в тексте газетной статьи) верно написание строчными: глава республики предложил, глава Дагестана положительно охарактеризовал... Прописная буква нужна, если полное название должности используется в официальном тексте.

Могут использоваться разные варианты. Следует руководствоваться рекомендациями Словаря имен собственных, а также нормативными картографическими источниками.

Слово откат и сочетание серая зарплата являются разговорными, поэтому в стилистически нейтральных контекстах кавычки возможны. В сочетании гражданский брак кавычки не требуются. 

Скорее, это канцелярит.

В приведенных репликах слова «почти» и «какая-то» представляют собой цитаты из реплик собеседника, поэтому их действительно нужно заключить в кавычки.

Сын графа — граф, дочь графа — графиня. Это связано с разницей в наследовании титулов в России и иных странах. 

Шурин – брат жены.