Да, кавычки нужны: кофе "три в одном".
Оборот в три часа можно выделить запятыми, если вы хотите придать ему характер уточнения (сегодня, а именно в три часа...). Если такого намерения нет, то запятые не нужны.
Все варианты правильны.
При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: три большие кровати. Но и вариант три больших кровати возможен, это не ошибка.
Корректно: три, и только три... Союз И употреблен в этом предложении в присоединительном значении.
При числительных два, три, четыре, двое, трое, четверо сказуемое обычно ставится в форме множественного числа: ...существуют три субрегиональные группы.
