Да, в этом предложении оборот с предлогом исходя из не обособляется, так как действие, им обозначаемое, не соотносится с действующим лицом: Далее лечение осуществляется исходя из выявленных повреждений.

Если оборот с производным предлогом (здесь — согласно) находится не в начале и не в конце предложения, то он обычно обособляется.

Вы правильно поставили знаки препинания. В этом случае знак, фиксирующий конец вставного предложения, ставится перед закрывающей скобкой.

Если есть необходимость подчеркнуть наличие нескольких предметов, имя существительное при однородных определениях ставится в форму множественного числа. Если такой необходимости нет, употребляется форма единственного числа, тем более что в сочетаниях терминологического характера перечисляемые разновидности предметов внутренне связаны, ср. примеры из «Справочника по правописанию, произношению, литературному редактированию» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой: в правой и левой руке (половине, стороне и т. п.), учащиеся среднего и старшего школьного возраста, существительные мужского, женского и среднего рода (первого и второго склонения, единственного и множественного числа), головной и спинной мозг и т. п.

Корректно: Таким образом, причиной признания жалобы обоснованной является то, что подразделением, являющимся непосредственным заказчиком, — Службой материально-технического снабжения — не было надлежащим образом обосновано использование технических требований, предусмотренных документацией. Обратите внимание, что повтор глагола являться в предложении нежелателен.

Запятая в таком случае не ставится.

Корректно: Токарь — это всегда мужчина. Такой стереотип сложился у целого поколения.

Если это мужская фамилия, правильно в дательном падеже: Присю. Если это женская фамилия, она не склоняется.

Корректно: Следует понимать, что возможности выявления непосредственного источника внутреннего кровотечения при обычном осмотре ограничены.

Запятая нужна — это сложноподчиненное предложение.