Запятая нужна: Мышкин – город, свободный от кризиса.
Верно: грядет (=наступит) в городе. Но: грядет (=идет) в город. Комната - молельная (молельня).
Указанные запятые нужны.
Правильно: в городе Москве, в городе Екатеринбурге. См. подробно в «Письмовнике».
Иноязычные географические названия склоняются в сочетании со словом город, если они хорошо известны, если они освоены русским языком (в городе Нью-Йорке, из города Мадрида). Малоизвестные географические названия остаются без изменений. Название Эльблонг не так известно носителям русского языка, поэтому корректно: в городе Эльблонг. Впрочем, если это сочетание встречается, например, в газете, выходящей в Калининградской области (жителям которой название города наверняка хорошо известно), можно написать и в городе Эльблонге.