Верно: две емкости по тысяче кубов каждая.
Верно: с девяноста тысячами жителей.
Верно: тысяча девятьсот шестидесятые годы.
У составных порядковых числительных склоняется только последнее слово, остальные слова не изменяются: тысяча восемьсот шестьдесят первого, тысяча восемьсот шестьдесят первому и т. п.
Существительным километр управляет слово тысяча, которое по своим грамматическим свойствам является существительным. Форма управляемого существительного во всех сочетаниях с главным словом тысяча сохраняется: тысяча километров, в тысяче километров, в двух тысячах километров, двумя тысячами километров, но в двух километрах, двумя километрами (два — числительное, а в формах косвенных падежей числительное согласуется с существительным, а не управляет им). О грамматических свойствах числительных и слов тысяча, миллион, миллиард и т. п. можно прочитать в учебниках русской грамматики, например в учебнике Е. И. Литневской на нашем портале.
Верен первый вариант.
Корректно: тысячам людей, живущих в...
