1, 3. См. «Письмовник», раздел «Какой падеж нужен при отрицании?».
2. Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное. Подробнее см. в «Письмовнике», раздел «Изучать микробов или микробы? Одушевленность существительных».
Здесь следует писать раздельно: и так.
Предпочтительный вариант: морские порты. Корректно: номера (комнаты) для командированных.
Правильно: 0,026 квадратного километра.
Если слово наконец используется в значении «в конечном итоге, после всего, напоследок, под конец, в результате всего», то запятые не нужны: Леонардо Ди Каприо наконец получает Оскар. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
В этом слове два суффикса: суффикс прилагательного -ов- и суффикс существительного -ик.
Род аббревиатур обычно определяют по опорному слову в расшифровке аббревиатуры или же по родовому слову: НАТО (альянс) постановил, МГУ (университет) принял новых студентов, СНГ (содружество) выступило с инициативой, ЮНЕСКО (организация) объявила 2009 год Годом Гоголя.
Поэтому правильно: электронная КД (конструкторская документация), наш МТП (маршрутно-технологический паспорт)