Приставка мета- всегда пишется слитно, например: метааллерги́я, метаана́лиз, Метагала́ктика и т. п.

Корректно слитное написание: Кости срослись не просто неправильно, а по-настоящему безобразно. 

В значении 'не достичь нужного уровня, результата' правильно слитное написание (здесь глагольная приставка недо... со значением неполноты, недостаточности): недотянул до ожидаемого результата. Ср.: не дотянул кабель до реки.

Не с существительными пишется слитно, если нет противопоставления (при противопоставлении раздельно: не указание в документе, а...).

Слово совсем может употребляться в двух значениях — подчеркивать утверждение и подчеркивать отрицание. Если совсем употребляется в значении 'совершенно, очень', то правильно слитное написание: совсем непонятно (= совершенно непонятно). Если же совсем употребляется в значении 'отнюдь, никоим образом', правильно раздельное написание: совсем не понятно (= отнюдь не понятно). 

Окончательное решение принимает автор текста. Написание зависит от контекста и от желания автора подчеркнуть утверждение или отрицание.

Правильно слитное написание в обоих случаях: для нередакторов, для недизайнеров. Не пишется слитно с существительными и прилагательными, которые в сочетании с не обозначают непринадлежность к какому-либо разряду лиц или явлений.

Оргединица — это сложносокращенное слово (от организационная единица). Сложносокращенные слова пишутся слитно, ср.: загранпаспорт, стенгазета, хозтовары.

Здесь правильно раздельное написание: Надо так же делать.

Вы не указали год выхода книги, но это может быть или старая книга, или репринтное издание, воспроизводящее старое написание. Дело в том, что до утверждения в 1956 году «Правил русской орфографии и пунктуации» такие наречия, как по-видимому, по-прежнему, могли писаться слитно. Современная орфографическая норма требует только дефисного написания.

Да, такое написание правильно.