Новый год пишется с прописной только как название праздника. В значении 'наступающий год; следующий год' правильно написание со строчной: Успехов в новом году!
Употребление кавычек – вопрос не грамматики, а правописания. Слово мышь кавычить не следует (у этого слова в словарях уже отмечено значение 'устройство, позволяющее вводить команды в компьютер помимо клавиатуры'; необычным оно не является), а вот мать надо заключить в кавычки.
Верен первый вариант.
Запятая перед союзным словом как нужна, так как в каждом случае оно вводит придаточное изъяснительное предложение: 1) понимание, как строятся новые модели; 2) знания, как создать новую последовательность.
Возможны варианты в зависимости от смысла: В состав новой реконструирующей биомаски... (была старая реконструирующая биомаска); В состав новой, реконструирующей биомаски... (до этого не имелось реконструирующих биомасок, а новая биомаска еще и реконструирующая).
Трудно судить о правильности по отдельным фрагментам. Нужно видеть более обширный контекст.
Верен второй вариант.
