Указанная запятая нужна.
Склоняются обе части этого слова: принят на работу инженером-конструктором. Может быть, лучше: принят на должность инженера-конструктора?
Кавычки не нужны.
Возможны два варианта: «колышущееся» и «колыхающееся».
Корректно со строчной: Получен патент РФ на изобретение.
См. в наших словарях.
Доверять можно обоим словарям. Важно помнить, что у них разный адресат и разные цели. «Русское словесное ударение» – словарь, адресованный в первую очередь работникам эфира. В словарях, адресованных работникам радио и телевидения, в подавляющем большинстве случаев варианты не даются, выбирается только один вариант, рекомендуемый для эфира.
Что касается ударения в слове обнял: предпочтительно обнял (поэтому этот вариант рекомендуется для употребления в эфире), но допустимо (т. е. менее желательно, но тоже правильно) и обнял (поэтому этот вариант есть в орфографическом словаре).
Оптимально: Надо пройти по подземному переходу до конца.
