По наблюдениям лингвистов, в современной речи существительное кальмар в значении «блюдо» часто употребляется в форме винительного падежа с окончанием -а: варить кальмара. На наш взгляд, этот вариант конструкции вполне соотносится с выражениями из «рыбного» меню типа жарить окуня, готовить карпа, отведать хариуса, заказать судака, купить копченого лосося, предпочитать карася в сметане. Вместе с тем в ходу и речевые обороты, в которых используется форма винительного падежа с нулевым окончанием в единственном числе кальмар или с окончанием -ы во множественном числе (то есть форма, совпадающая с формой именительного падежа): варите кальмары не более трех минут.
Верно: цис-транс-изомерия.
Нет оснований для использования кавычек.
Правильно: Не «Бахчисарайский...» ли «...фонтан» вы читаете?
Сочетание задать вопрос своему президенту корректно, это не ошибка.
Верно: бежать за самолетом (каким?), совершающим рейс.
Запятая перед чтобы нужна. Однако смысл предложения неясен. Возможно, его следует перестроить.
Возможно как слитное, так и раздельное написание в зависимости от смысла. Раздельное написание подчеркивает отрицание.
Такое написание невозможно. Правильно: Уже прошли праздники? Прошли ли уже праздники? Возможно также: Ужели прошли праздники? Эта фраза будет означать «неужели праздники прошли?». Устаревшая частица ужели означает 'неужели'.
Если местоимение Вы употребляется как вежливое обращение к одному лицу, глагол все равно ставится в форму множественного числа. Ср. обычный вопрос: В случае принятия данного закона Вы бы поддержали его?