Спасибо за вопросы!

Вы указываете на одно из самых трудных и противоречивых мест в русском правописании. Сперва о кавычках. Принципиальной разницы между сочетаниями профессия "сварщик" и специальность "математика" нет, такие сочетания желательно писать единообразно. (Впрочем, все же есть одно различие: можно составить грамматически корректное согласованное сочетание профессия сварщика и нельзя составить согласованное сочетание специальность математики; это уже трудность в области грамматики, а не в области орформления текста, хотя последнее проистекает из первого).

А как единообразно - давайте исходить из складывающейся практики письма. Если приложение - изменяемое, склоняемое слово, то в случае падежного рассогласования и возникают кавычки, которые выступают именно как графический знак рассогласования. Поэтому на практике возникают такие сочетания, как по специальности "математика", по профессии "сварщик" и т. п. Сочетания же стиль + люкс, ретро, поп, ампир, барокко и другие - это сочетания с неизменяемыми приложениями, для того чтобы дополнительно отметить эту неизменяемость, кавычки не нужны.

Это полярные случаи. Названные же Вами примеры - промежуточные между двумя полюсами, поэтому в них и наблюдается оформительский разнобой.

Теперь о запятых. Корень проблемы - в том, что считать главным, а что зависимым словом в словосочетании, ведь словосочетание подразумевает подчинительную связь между своими частями, между входящими в него словами. Таким образом проблема вновь выходит из чисто пунктуационных рамок и передвигается в сферу грамматики, то есть устройства текста, его структуры, логических отношений между словами. А эти логические отношения выстраиваются автором текста, автором мысли, сообщения. И поэтому конечное решение - при выборе одного из возможных (подчеркнем: возможных, т. е. логически непротиворечивых) вариантов - за автором текста.

Лучше оставить: уравнение Клапейрона — Клаузиуса (Clausius-Clapeyron Equation).

Сергей, Ваши аргументы вполне убедительны. Правда, необходимо отметить, что правила постановки запятой на стыке союзов охватывают не только случаи встречи двух подчинительных союзов (или подчинительного союза и союзного слова), но и случаи встречи сочинительного и подчинительного союзов (или сочинительного союза и союзного слова). А союз однако, будучи аналогом противительного союза но, входит в число сочинительных (можно считать однако присоединительным союзом, но и присоединительные союзы тоже относятся к сочинительным).

Вместе с тем нельзя забывать, что пунктуация основана на несколько иных принципах, нежели орфография. К пунктуации неприменимы требования полной унификации, как к орфографии; в отличие от орфографии, многое в пунктуации определяется замыслом автора текста и конкретной речевой ситуацией. Если автор чувствует, что отсутствие запятой в конкретном случае может исказить смысл текста, он, безусловно, имеет право поставить запятую. Мы согласны с Вами, что право принятия окончательного решения о постановке или непостановке запятой на стыке союзов однако и если... то (особенно с учетом некоторой недосказанности правил и сложившейся практики письма) следует оставить за автором текста.

Судя по приведенным Вами ссылкам, "многие современные и старые словари" - это 22-е издание "Толкового словаря русского языка" С. И. Ожегова (и издание 1992 года)?

Но в этом словаре у "похудания" совсем иное значение - "появление худобы" (пример - болезненное похудание), а не "диета". Что оправданно.

Предложение, приведенное Вами, можно оставить без изменений. Падежное согласование в косвенных падежах существенно затруднит восприятие этой формулы читателем.

Рекомендация орфографической комиссии РАН – писать сочетание «оранжевая революция» со строчной, в кавычках.

В «Русском орфографическом словаре» это слово не зафиксировано. Поэтому мы рекомендовали написание, соответствующее правилу: пишутся через дефис прилагательные, образованные из двух или более основ слов, обозначающих равноправные понятия (мясо-колбасная продукция – это мясо и колбаса; ср. со словом мясо-молочный). 

Словарь «Слитно или раздельно?» Б. З. Букчиной и Л. П. Калакуцкой являлся результатом большой исследовательской работы авторов в области орфографии сложных слов. Ими был выявлен принцип написания, сложившийся в практике письма: слитно пишутся прилагательные, в первой части которых нет суффикса, и раздельно – прилагательные с первым компонентом, включающим в себя суффикс (ср.: глухонемой, пароводяной и авторско-правовой, уголовно-процессуальный). Этот принцип был назван авторами формально-грамматическим, и он противоречил основному действующему правилу написания сложных прилагательных, основанному на определении вида связи между компонентами, образующими прилагательное: если связь подчинительная – пишем слитно; если сочинительная – через дефис (ср. классические примеры: железнодорожный и выпукло-вогнутый). Таким образом, слова глухонемой, авторско-правовой и многие другие, уже закрепленные в словарях, были исключением из действующего правила. Исследователи пришли к выводу, что в языке сформировался закон, который должен быть последовательно проведен в практике кодификации. Именно это они и осуществили в своем словаре (который, кстати, имел подзаголовок «Опыт словаря-справочника»). Подробнее о проблемах составления словаря написано в предисловии к нему. Там же сформулированы новые правила, основанные на выявленных языковых закономерностях. 

В итоге в словаре были закреплены написания мясомолочный, мясоколбасный и некоторые другие, противоречащие действующим правилам. Заметим, что первым редактором словаря был Д. Э. Розенталь (издание 1972 г.) и словарь переиздавался много раз, в том числе с дополнениями и изменениями.

Однако новые правила, предложенные Б. З. Букчиной и Л. П. Калакуцкой, практически не вышли за пределы словаря. Д. Э. Розенталь в своих справочниках лишь в примечаниях отмечал, что некоторые из сложных прилагательных, пишущихся против основного правила через дефис, имеют в своей основе определенные суффиксы. 

Таким образом, мы имеем сейчас никем не отмененные правила, которые в языке уже не работают (см. внушительные списки исключений в любом большом справочнике по орфографии) и новый орфографический закон, который действует в практике письма, но который не закреплен правилами.

Наши рекомендации, как бы мы лично ни относились к существующему положению дел в этой области орфографии, основаны на действующих правилах и академических словарях.

См. также ответы на вопросы № 274082, 285794.

Мы передадим Ваше замечание в наш технический отдел.