В данном случае правильным будет вариант: «организация передала в собственность городскому округу город Тобольск».
Вы имеете в виду ситуации, когда название состоит из двух частей, соединенных союзом или? В этом случае перед союзом ставится запятая, а первое слово второй части названия пишется с прописной буквы: «Ирония судьбы, или С легким паром».
Если имеется в виду город в Республике Коми, то верно: Микунь, Микуни, Микуни, Микунь, Микунью, о Микуни.
О самом Милане: город Милан, коммуна Милан, провинция Милан. Но речь может также идти о коммунах Милана.
Сочетания допустимы. Выбор и корректность сочетания лучше всего обсуждать с опорой на смысловые и стилистические особенности конкретного высказывания.
Географические названия среднего рода, оканчивающиеся на -е, чаще не склоняются в сочетании со словом город: у города Межгорье.
Правильно: в городе Елизово. Если слова город нет, возможны два варианта: в Елизове (предпочтительно) и в Елизово (допустимо).
