Можно, конечно. Раз, два, три... – корректно. Есть распространенное суждение, что неверно говорить раз, два, три, а нужно говорить один, два, три, но совершенно непонятно, на чем это суждение основано. В словарях русского языка раз фиксируется как абсолютно равноправная замена слову один при счете.

Какой частью слова является пара- в русском языке — вопрос дискуссионный. В научных изданиях ее характеризуют или как приставку, или как часть сложного слова, корень. См. например, словарные статьи здесь.

Подробнее о написании части пара- см. в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».

Если Вы имеете в виду пары типа любить — люблю, лепить — леплю, то в них происходит чередование б/бл, п/пл, которое входит в корень слова. Другие примеры подобного чередования см. в пособии Е. И. Литневской «Русский язык. Краткий теоретический курс для школьников».

Да, это нормативное употребление. В подобных конструкциях используется метонимия – замена одного слова другим на основе связи их значений по смежности, ср.: читать Тургенева вместо читать произведения Тургенева; лес поет вместо птицы поют в лесу. Аналогично: США ввели санкции вместо правительство США ввело санкции.

Разговорное существительное коммуналка, которое может обозначать как коммунальную квартиру, так и коммунальные услуги, образовано способом универбации (стяжения словосочетания в одно слово) с суффиксацией. Корень у него только один, «следов» второго корня нет, а потому подобные слова не принято относить к сложносокращенным.

Слово расстояние заимствовано из старославянского языка, где оно образовано от глагола расстояти 'находиться, стоять в отдалении'. Так что исторически в этом слове тот же корень, что и в глаголе стоять, а рас- – приставка. В современном русском языке приставка в этом слове уже не выделяется.

Да, вынуть – единственное в русском языке слово без корня. Когда-то в этом слове корень был, но утратился вследствие исторических преобразований. Слово появилось по аналогии с глаголами на -нуть (типа двинуть) на базе вынять, производного от яти  'брать' (от него же образован и глагол взять).

Учитель неправ. Оба варианта переноса верны. Группа неодинаковых согласных букв в середине слова, входящих в корень или образующих стык корня и суффикса, может быть разбита переносом любым образом. См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. М., 2016. § 217.