Правильно: Её мысли были крайне путаны. Её мысли всегда путаны.

Правило таково. Краткие формы прилагательных с качественным значением, полные формы которых передаются на письме с одним н, пишутся так же, как полные. Примеры: делана, делано, деланы (от деланый 'неестественный, принуждённый'); путана, путано, путаны (от путаный 'нелогичный, сбивающий с толку'); учёна, учёно, учёны (от учёный 'основательно знающий что-либо'). Так же пишутся формы сравнительной степени (деланее, путанее, учёнее) и наречия на -о (делано, путано). См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. М., 2016. § 104.

По общему правилу приставки пишутся слитно, но, согласно § 138 Правил русской орфографии и пунктуации под ред. В. В. Лопатина, пишутся через дефис наречия с приставкой по-, оканчивающиеся на -ому, -ему, -ски, -цки, -ьи, образованные от прилагательных (в том числе от местоименных прилагательных мой, наш, всякий и т. п.), напр.: по-новому, по-пустому, по-прежнему, по-хорошему, по-вашему, по-твоему, по-своему, по-другому, по-всякому (так же пишется вводное слово по-видимому), по-Петиному (от прилагательного Петин); по-всячески, по-людски, по-дружески, по-русски, по-немецки, по-казацки, по-лисьи, по-собачьи (и просторечные по-ихнему, по-нашенски, по-каковски); наречия по-его, по-её, по-их, образованные от несклоняемых местоименных прилагательных; по-социал-демократически, по-жюль-верновски, по-тёти-Валиному.

Корректно: невидимые в микроскоп звёзды; не видимые ни в бинокль, ни в микроскоп звёзды; не видимые глазом звёзды; никому не видимые звёзды.

Слова на -мый (причастия и отглагольные прилагательные) пишутся раздельно, если они употребляются без не и при этом имеют:

а) в качестве пояснительных слов местоимения и наречия, начинающиеся с ни;

б) усиливающие отрицание сочетания далеко не, вовсе не, отнюдь не и др.;

в) усиливающий отрицание повторяющийся союз ни... ни;

г) зависящие от них существительные в творительном падеже со значением действующего лица или орудия действия.

Во всех остальных случаях они пишутся слитно.

Два нарицательных существительных, выражающих родовое и видовое понятия в классификации природных объектов, пишутся раздельно. Ср.: птица иволга, рыба треска, дерево ольха, цветок роза, минерал лазурит, металл литий.

В справочниках по правописанию рекомендуется отличать такие сочетания от сочетаний типа птица-носорог, рыба-попугай, в которых названием является сочетание целиком, поскольку носорог — не птица, а попугай — не рыба. Подобные составные наименования пишутся через дефис.

Сочетание лен-долгунец занимает промежуточное положение между приведенными группами. С одной стороны, компоненты находятся в родо-видовых отношениях, с другой — представляют собой устойчивое наименование. Слово долгунец редко употребляется как самостоятельное название льна в отличие от слова стерх, которое часто используется для называния журавлей. 

Правильно: невидимый глазу ручеек.

В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой (7-е изд. М., 2010) указано следующее. Слова на -мый (причастия и отглагольные прилагательные) пишутся раздельно, если они употребляются без не и при этом имеют: а) в качестве пояснительных слов местоимения и наречия, начинающиеся с ни; б) усиливающие отрицание сочетания далеко не, вовсе не, отнюдь не и др.; в) усиливающий отрицание повторяющийся союз ни... ни; г) зависящие от них существительные в творительном падеже со значением действующего лица или орудия действия. Во всех остальных случаях они пишутся слитно.

Слово лироэпос пишется слитно по правилу (как и лироэпика): сложные существительные с соединительными гласными о или е, а также гласными а, и, я на стыке основ пишутся слитно, в число исключений слово не входит. Сейчас это слово пишут и через дефис, ошибочно применяя к существительному правило о написании сложных прилагательных (сложные прилагательные с сочинительным соотношением основ, выражающие равноправные, парные отношения, пишутся через дефис, напр. лиро-эпический). Алгоритм действия для пишущих таков: если слово отсутствует в словаре, то при наличии вариативности написания следует всегда выбирать написание по правилу, то есть написание системное, характерное для письма, не следует идти по пути увеличения количества исключений.

При написании сложных прилагательных имеет значение не только тип связи между основами (сочинение / подчинение), но и наличие или отсутствие суффикса прилагательного или причастия в первой части слова. 

Орфографисты сейчас предлагают такую формулировку правила: сложные прилагательные с сочинительным отношением основ и суффиксом в первой части пишутся через дефис, напр.: кабельно-спутниковый, колюще-режущий, осенне-зимний, русско-немецкий, садово-парковый. Сложные прилагательные с подчинительным отношением основ и без суффикса в первой части пишутся слитно, напр.: валютообменный, криволинейный, лавиноопасный, рельсоукладочный, сталелитейный, целеориентированный. Написание остальных сложных прилагательных определяется по словарю.

В прилагательном минно-разыскной подчинительное отношение основ, но наличие в первой части суффикса приводит к появлению дефиса. Руководствуемся словарной фиксацией.

1. В подготовленном Орфографической комиссией РАН полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006) находим ответ на Ваш вопрос: «...Следует иметь в виду, что в существительных после согласных с, з, ж не пишутся суффиксы -щик, -щин(а), а пишутся -чик, -чин(а): ср. сварщик, мойщик, но резчик, разносчик, перебежчик; Орловщина, Смоленщина, но Одесчина, Воронежчина. Буквосочетание сщ встречается только на стыке приставки и корня, напр.: расщепить». Как видите, здесь всё однозначно.

2. Сочетание дни города можно понять как несколько дней (одного года), в рамках которых проходят какие-либо торжественные мероприятия (ср.: Дни славянской письменности и культуры). Поэтому лучше перестроить фразу (например: на протяжении многих лет принимали участие в праздновании Дня города).

Пишутся раздельно аббревиатуры, состоящие из двух самостоятельно употребляющихся инициальных аббревиатур, являющихся названиями разных организаций. Это правило обычно распространяют и на другие названия, не только организаций, поэтому во втором случае корректно: ООЭ АСУ (АСУ — самостоятельная аббревиатура).

Употребляется ли аббревиатура АССО (автоматизированная система системного оператора)? Если нет, то придется принять слитное написание СОТИАССО, хотя оно очень длинное и сложное для восприятия и расшифровки. Если же аббревиатура АССО употребляется, то предпосылка писать ее отдельно есть. Однако и в этом случае раздельное написание вызывает сомнение, так как вторая часть присоединяется с помощью предлога. Другие служебные слова — союзы — в составе аббревиатур пишутся строчными буквами (например, МиГ). Как сокращать названия, содержащие предлог, — правила однозначного ответа не дают. 

В выражении ей-богу и во множественном числе (о боги) возможно только написание строчными.

В остальных случаях руководствуемся правилом: в устойчивых сочетаниях междометного характера, которые употребляются в разговорной речи вне прямой связи с религией, слова бог и господь пишутся со строчной буквы: не дай бог, о боже мой, не приведи господь, слава богу. 

Слова Боже и Господи пишутся с большой буквы, если выражают обращение к Богу. В некоторых случаях выбор написания зависит от контекста. Так, может быть написано слава Богу (если контекст указывает, что говорящий действительно благодарит Господа Бога) и слава богу (если по контексту ясно, что употреблен расхожий разговорный оборот: В тот раз он, слава богу, пришёл вовремя!).