Обычно используют форму множественного числа: в окрестностях. Могут говорить об окрестностях села, города, деревни, Санкт-Петербурга, Москвы, Кемерова. В этом случае употребляется словосочетание, в котором зависимое существительное стоит в форме родительного падежа. Следовательно, правильно, в соответствии с литературной нормой: в окрестностях Афимьина.

Верно: представлять интересы (чьи?) общества с ограниченной ответственностью.

Самые разные события происходят в ботанических садах-институтах нашей страны. Когда речь идет о конкретном саде-институте, то авторы пишут с неизменностью: в ботаническом саду-институте.

Для инструктора важно, чтобы описания движений были понятны его ученикам. Для кого-то обороты типа колени направлены в потолок яснее всего информируют о положении коленей. Для кого-то образные выражения типа колени (стопы, ладони) смотрят в небо / горизонт служат самым простым способом сообщить о позиции частей тела.

Правильно: когда бы ни.

Оборот с как имеет причинное значение, поэтому должен быть выделен запятыми. Запятая перед и не ставится, если части вы... должны трудиться и вам необходимо понимать... являются по замыслу автора однородными. Если часть вам необходимо понимать... рассматривается автором как связанная с частью ...надо думать сочинительной связью, тогда запятая перед и нужна.

Точка в конце предложения нужна: Рассматривается вопрос № 1 «О проекте закона...».

Тире поставлено перед распространенным приложением, стоящим в конце предложения, оно подчеркивает самостоятельность такого приложения (см. пункт 2 параграфа 19.10 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Другие тире в предложении неуместны.

Корректно: На вопрос, какие жизненные ценности главные в жизни человека, многие отвечают: доброта, милосердие.

В этих предложениях сравнительные обороты с союзом что играют роль сказуемого, а запятая между подлежащим и сказуемым не ставится. Постановка интонационного тире возможна.