По-русски этот город по-прежнему называется Алма-Ата, склоняется вторая часть этого названия: в Алма-Ате. Если название города употребляется в форме Алматы (каз.), оно не склоняется: в Алматы.

Если официальное название лекарства употребляется с родовым словом (лекарство, препарат и т. д.), то оно пишется в кавычках с большой буквы и не склоняется: Применение препарата "Флемоксин".

Корректно: высота Мюллера.

В сочетании город Байконур имя собственное склоняется: администрация города Байконура, подъезжать к городу Байконуру. Ср.: на космодроме Байконур, к космодрому Байконур.

Все приведенные варианты правильны. Однако существуют некоторые стилистические ограничения на употребление слов женского рода. В официально-деловом стиле, когда речь идет о номенклатурном наименовании должности, рекомендуется сохранять форму мужского рода. Подробнее об этом можно прочитать в «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой, в параграфе «Род названий лиц женского пола по профессии, должности и т. д.».

Верно:  литийионная батарея, при оформлении латиницей –  Li-ion-батарея.

Кавычки не требуются, так как название написано латиницей: электролобзик Makita.

Название Гавайи склоняется. На Гавайях – правильно.

Согласно «Грамматическому словарю русского языка» А. А. Зализняка, Бангладеш – существительное женского рода: далекая Бангладеш.

Название знака зодиака пишется с большой буквы; большая буква сохраняется и в том случае, если речь идет о человеке, родившемся под этим знаком (в том числе во множественном числе): творческий Овен, все старые Овны.

С прописной буквы пишутся названия высших государственных должностей и титулов (Президент Российской Федерации, Председатель Правительства Российской Федерации, Генеральный прокурор Российской Федерации, Чрезвычайный и Полномочный Посол и т. п.) в текстах официальных документов, например: Указ Президента Российской Федерации В. В. Путина.

Однако вне такого употребления (например, в тексте газетной статьи) эти слова пишутся со строчной буквы, например: президент России подписал указ, премьер-министр критиковал депутатов, генеральный прокурор выдвинул обвинение и т. п.

Название должности министр пишется со строчной буквы. Такие названия должностей, как генеральный директор, президент компании, начальник отдела и т. п., также пишутся со строчной буквы.