Запятая в указанном месте нужна, потому что она закрывает причастный оборот содержащие глютен.
Первый вариант корректен.
Вы правы, сочетание в конце концов здесь является обстоятельством времени (отвечает на вопрос когда?), а не вводным словом.
В оформлении этого предложения действительно возможны варианты. Сам по себе сравнительный оборот с сочетанием почти как не нужно выделять запятыми (пункт д) параграфа 90 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина), поэтому вариант без знаков препинания является основным. Этот сравнительный оборот, однако, можно интерпретировать как уточнение к темно, а потому вариант с запятой также корректен.
Между собой — сочетание предлога и местоимения, то есть синтаксическое соединение, у которого может быть самое разное лексическое наполнение.
Вводное слово, находящееся в начале обособленного члена предложения, не отделяется от него знаком препинания: Многие моменты, о которых мы говорили, например о важности получения высшего образования, нашли отражение в концепции. См. параграф 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
Слитно, если сообщается, что нечто является простым, легким: прилагательное (или наречие) несложно синонимично слову просто или легко. Раздельно, если отрицается сложность обсуждаемого. Наречие совсем в том и в другом случае выступает с усилительным значением.
В словарях устойчивых выражений сочетание гладкий как зеркало не зафиксировано, и пропускать парные запятые при нём нет оснований. Обособление сочетания как зеркало в приведенном Вами примере необходимо ещё и потому, что без него в предложении возникает сочетание *как зеркало водяную поверхность.
Приложение мастер экспериментов, находящееся перед именем собственным Дмитрий Хогварц, не обособляется (пункт 1 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). Правда, если автор логически выделит сочетание мастер экспериментов, а имя собственное сочтет попутным замечанием, то уже это имя собственное станет поясняющим обособленным приложением при сочетании мастер экспериментов (см. примечание к пункту 1 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). Соответственно, основным является вариант без обособления, а вариант с обособлением допустим, если автор хочет особенным образом расставить акценты в высказывании.
В «Тезаурусе русских идиом» под ред. А. Н. Баранова и Д. О. Добровольского (М., 2018) приводятся выражения всё что угодно, всё что душе угодно, всё что душа пожелает со значениями 'все разновидности' и 'всё, что можно пожелать' (с. 91). Если те же значения имеет выражение всё что хочешь, то оно является также цельным по смыслу.
