При оформлении библиографии и библиографических ссылок по ГОСТам нужно учитывать, что в библиографической записи пунктуация имеет две функции — обычных знаков препинания и так называемых знаков предписанной пунктуации. Последние служат для распознания отдельных областей библиографических описаний при традиционной и автоматической обработке данных.

В качестве знаков предписанной пунктуации используются обычные знаки препинания и математические знаки (двоеточие, косая черта, сочетание точки и тире, знак равенства и др.). До и после предписанного знака ставят пробелы, это позволяет отличать его от пунктуационного знака. Правда, из этого правила есть исключение: пробелы не ставят перед точкой и запятой. Приведем пример библиографической записи со знаками предписанной пунктуации:

Орфографический словарь русского языка : 110 000 слов / Акад. наук СССР, Ин-т языкознания ; [под ред. С. И. Ожегова и А. Б. Шапиро]. – 2-е изд., стер. – Москва : ГИС, 1957. – 1260 с.

Почему в библиографической записи тире иногда заменяют на дефис? Полагаем, что причины могут быть разные: технические ограничения на использование тире, незнание того, что тире и дефис — разные знаки не только графически, но и функционально, и др.

Предписанный знак точку и тире, разделяющий области библиографического описания, допускается заменять точкой в библиографических ссылках, например:

Орфографический словарь русского языка / под ред. С. И. Ожегова и А. Б. Шапиро. 2-е изд., стер. М. : ГИС, 1957. С. 3. 

Фамилию в заголовке библиографической записи рекомендуется отделять от имени (имен), имени и отчества, инициалов запятой. Библиографы иногда объясняют необходимость запятой тем, что она помогает в иностранных именах однозначно показать, где заканчивается фамилия и начинается имя, например: 

Ожегов, С. И. Толковый словарь русского языка. 4-е изд., доп. М., 1997.

Рубенс, Питер Пауль. Питер Пауль Рубенс в собрании Эрмитажа [Текст]. – Ленинград : Аврора, 1970. – 5 с.

При затруднении определения границ фамилии и имени допускается запятой их не разделять (Пон Чжун Хо).

Запятая после фамилии — недавнее новшество, она не является обязательной, как пунктуационный знак не нужна, поэтому довольно часто наши издатели и авторы такую запятую игнорируют.

Подробнее об оформлении библиографических записей читайте в ГОСТах, их перечень можно посмотреть в разделе «Официальные документы». Также заметим, что в Российской государственной библиотеке (возможно, и в других крупных библиотеках) периодически читают лекции, посвященные оформлению библиографии и библиографических ссылок. 

После русских приставок, кончающихся на согласный (кроме приставок сверх- и меж-), пишется ы и не пишется и. Происхождение слова в данном случае не имеет значения. Например, к латинским словам, образованным с помощью приставки in-, восходят слова интеграл, инерция, но правильно только безынтегральный, безынерционный. Орфографически верен только один вариант слова, о котором идет речь: безынтерфероновые.

Надо сказать, что в практике письма до принятия в 1956 году действующих правил правописания существовали значительные колебания в словах типа безынтерфероновый. Боролись две тенденции: сохранять единство корня и писать после приставок не ы, а и (такие написания были особенно характерны для терминологической лексики) и после русских приставок писать ы в соответствии с произношением. Задача унификации написаний, устранения орфографического разнобоя была решена в пользу последней тенденции. Однако, несмотря на принятие правила, по которому и разрешалось писать только после заимствованных приставок и которому в целом печать стала следовать, в профессиональном языке сохранялись отдельные написания типа безинтерфероновый. Язык словно сопротивлялся волевому решению лингвистов. В 1964 г. в проекте реформы орфографии был пункт о разрешении двояких написаний и/ы после приставок на согласный. Однако общество резко отвергло реформу, в том числе предложение о вариативных написаниях. Поэтому правило продолжает действовать, хотя язык, что хорошо видно из Вашего примера, продолжает сопротивляться принятому правилу. 

Кавычки были бы уместны, но возможны и другие способы выделения (например, курсив или подчеркивание).

Фраза «на приставку "супер" данное правило не распространяется» не соответствует действительности. Правильно: суперъядро, суперъяркий, суперъяхта и т. д.

Если это не личное письмо, следует писать вы с маленькой буквы.

Да, говорим. Ориентируемся на правила правописания, принятые в 1956 году (после издания словаря Д. Н. Ушакова).

Правильно: в ста метрах (с числительным - согласование), в сотне метров (с существительным - управление).

Корректно: История корабля. Выведен из состава флота. Подорвался на мине, затонул.

От способа записи (словесного или цифрового) тип синтаксической связи не зависит. См. ответ № 280846.