Вероятно, разница в том, что слово коронавирус русский язык заимствовал, а сочетание папиллома-вирус образовалось в русском языке соединением самостоятельно существующих слов. 

В основу не включаются никакие формообразующие суффиксы. О таких суффиксах можно прочитать в учебнике Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников».

Если термин интерфикс понимать широко (как соединительный элемент, помещаемый между двумя корнями или между корнем и суффиксом), то элементы -ер- (матери), -ес- (небеса) нужно относить к интерфиксам. См., например, статью «Аффикс» в энциклопедическом словаре «Языкознание» (М., 2000, с. 39) или учебник «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников» Е. И. Литневской).

Это новое слово, оно еще в поиске своего места в стилистической системе русского языка. Полагаем, что пока его стоит избегать в официально-деловой речи. О словах коронавирусной тематики можно прочитать в недавно вышедших словаре и книге Института лингвистических исследований РАН:

Словарь русского языка коронавирусной эпохи / Х. Вальтер, Е. С. Громенко [и др.]. (Санкт-Петербург, 2021);

Русский язык коронавирусной эпохи / Т. Н. Буцева, Х. Вальтер, И. Т. Вепрева [и др.]; ред. коллегия: М. Н. Приемышева [и др.]. (Санкт-Петербург, 2021).

Элемент да перед фамилией — это непереводимый на русский язык предлог. Непереводимые служебные слова перед иностранными фамилиями пишутся со строчной буквы. Исключения составляют те случаи, когда для определенных лиц закрепилась традиция включать служебный элемент в состав фамилии. 

Современные орфоэпические словари, например «Большой орфоэпический словарь русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, H. Ф. Касаткиной, «Орфоэпический словарь русского языка» под ред. Н. А. Еськовой, рекомендуют произносить сино́псис. 

Иностранные слова, входя в русский язык, осваиваются им, то есть подчиняются его законам. Так ударение в заимствованиях часто перемещается на середину слова. «Русская» норма произношения устанавливается не сразу, словари могут отражать постепенное движение от одного варианта произношения к другому.

Слово гаджет вошло в русский язык и уже зафиксировано академическим орфографическим словарем.

Вот текст стихотворения по книге «Прямая речь. Мысли великих о русском языке» (М., 2007):

Я люблю свой родной язык!
Он понятен для всех,
Он певуч,
Он, как русский народ, многолик,
Как держава наша, могуч.
Хочешь — песни, гимны пиши,
Хочешь — выскажи боль души.
Будто хлеб ржаной, он пахуч,
Будто плоть земная — живуч.
Для больших и для малых стран
Он на дружбу,
На братство дан.
Он — язык луны и планет,
Наших спутников и ракет.
На совете
За круглым столом
Разговаривайте на нем:
Недвусмысленный и прямой,
Он подобен правде самой.

В публикациях в интернете, в том числе в книгах, по которым ведется поиск в Гугл-книгах, тот же текст содержит еще две строки:

Он, как наши мечты, велик,
Животворный русский язык!

Нужно указать выходные данные оригинального издания. Полагаем, что библиографическое описание можно дать на японском языке (если позволяют технические возможности) или перевести на русский. Эти нюансы нужно обсудить с издательством, в котором будет опубликована Ваша научная работа. 

Корни в парах равн-ровн и мак-мок исторически восходят к одному корню, значения их дифференцировались, однако процесс этот не завершен. Есть слова-исключения и слова, в которых совмещается значение, свойственное обоим корням. Подробнее на Ваш вопрос отвечает статья Е. В. Арутюновой, Е. В. Бешенковой, О. Е. Ивановой «Корень с чередованием равн-/ровн- (из материалов академического описания русской орфографии)» (журнал «Русский язык в школе». 2020. Т. 81. № 6. С. 90–96).