Если мы в каждом ответе будем приводить список справочной литературы, то совсем перестанем успевать отвечать на вопросы. Поэтому обычно мы даем ссылки на справочники и словари только в тех случаях, когда об этом нас просят авторы вопросов.
Случаи, когда написание, принятое в официальных документах, отличается от зафиксированного в словарях русского языка, не редкость. Академический «Русский орфографический словарь» (4-е изд. М., 2012) фиксирует слитное написание: особоохраняемый.
Прежде всего заметим, что мы не можем предложить к употреблению форму, которой нет в языке. Краткие формы у действительных причастий не образуются. Однако слово основополагающий является прилагательным, поэтому краткие формы у него возможны, хотя и употребляются крайне редко. Корректно: она основополагающа.
Если прямая речь непосредственно включается в авторское предложение в качестве его члена, то она заключается в кавычки, знаки же препинания ставятся по условиям авторского предложения: Про нынешних тренеров редко говорят что-то вроде «А у него же нюх на игроков!», но Мирча Луческу точно входит в число футбольных гуру с особой интуицией.
Два нарицательных существительных, выражающих родовое и видовое понятия в классификации природных объектов, пишутся раздельно. Ср.: птица иволга, рыба треска, дерево ольха, цветок роза, минерал лазурит, металл литий.
В справочниках по правописанию рекомендуется отличать такие сочетания от сочетаний типа птица-носорог, рыба-попугай, в которых названием является сочетание целиком, поскольку носорог — не птица, а попугай — не рыба. Подобные составные наименования пишутся через дефис.
Сочетание лен-долгунец занимает промежуточное положение между приведенными группами. С одной стороны, компоненты находятся в родо-видовых отношениях, с другой — представляют собой устойчивое наименование. Слово долгунец редко употребляется как самостоятельное название льна в отличие от слова стерх, которое часто используется для называния журавлей.
Да, такие написания для заимствованных слов встречаются, хотя и очень редко. См., например, «Словарь имен собственных» на нашем портале здесь и здесь.
Оба варианта правильны. Однако в современном языке (в отличие от языка XIX века) варианты форм творительного падежа ед. числа на -ою, -ею (красотою, картою, зарею и т. д.) употребляются очень редко и носят книжный оттенок.
Глагол нарожать употребляется без дополнения, но крайне редко. Также обратите внимание, что сам глагол носит разговорный характер.
Следует писать ни: Как бы часто или редко Вы ни летали, мы всегда будем Вам рады.
Слово повышательный фиксируется пока только «Русским орфографическим словарем» РАН (4-е изд. М., 2012). Используется оно редко – преимущественно в составе специальных терминов.