Лучше перестроить фразу.

Корректно: Этот принцип не только независим, но и первичен в порядке вещей, потому что, хотя некая возможность и предшествует данному состоянию действительности, сама эта возможность возникла из предыдущего состояния.

Да, случай подходит под это правило. Другое дело, что причастие в этом предложении выглядит неудачно стилистически. Деепричастие получив было бы гораздо уместнее.

Есть еще несколько случаев, когда после согласных пишется э. Это написание после приставок или составных частей сложных и сложносокращенных слов (предэкзаменационный, сэкономить; двухэтажный, Мосэнерго); написание во многих собственных именах иноязычного происхождения и производных от них словах (Бэкон, Дэвид, Сэлинджер; Мэриленд, Тайбэй, Улан-Удэ, Хуанхэ). Кроме того, э пишется в названиях букв (бэ, вэ, гэ и др.), в составе аббревиатур, пишущихся по названиям букв, и слов, образованных от буквенных аббревиатур, напр.: бэтээры, кавээнщик, гэпэушник, кагэбэшный, в звуковых аббревиатурах и образованных от них словах, напр.: ГЭС, ТЭЦ, ВТЭК, НЭП, втэковский, нэпман. 

Но в целом закономерность, о которой Вы говорите, существует. По нормам русской орфографии не в начале корня после букв, передающих твердый согласный, в словах иноязычного происхождения, как правило, пишется буква е (бизнес, бренд, коттедж, партер, стенд, инерция); буква э пишется только в немногих нарицательных существительных, таких как мэр, мэтр, пленэр, пэр, рэкет, рэп, сэр и некоторых других словах (преимущественно узкоспециальных), их круг определяется орфографическим словарем.

В нормативных словарях русского языка такого разграничения не проводится. В большинстве словарей оба варианта признаются допустимыми (независимо от значения). Словари, адресованные работникам эфира (где дается строгая норма и рекомендуется в большинстве случаев только один вариант), отдают предпочтение ударению кашица (также независимо от значения). А в «Большом орфоэпическом словаре русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, Р. Ф. Касаткиной (М., 2012) ударение на первом слоге уже указано как нерекомендуемое (т. е. вариант кашица постепенно уходит из языка).

Согласно словарям, финал (в рассматриваемом значении) – 'заключительная часть спортивных соревнований, выявляющая победителя' (см., напр., «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова). Поэтому довольно странно называть финалом матч за суперкубок, он не является заключительной частью соревнования, ведь никаких других частей, кроме этого одного матча (или двух, где второй матч – фактически продолжение первого), у данного соревнования просто нет (чемпионат и кубок – действительно, отдельные турниры). Поэтому корректно: матч за Суперкубок России, матч за Суперкубок УЕФА. Команду, проигравшую этот матч, лучше назвать участником, а не финалистом.

1. Запятая поставлена правильно. Слово однако общим членом предложения не является, так как это вообще не член предложения, это противительный союз.

2. Вы правы, деепричастный оборот, стоящий после подчинительного союза либо союзного слова, должен отделяться от него запятой.

Во втором предложении лишняя запятая. Верно: Они хотят, чтобы дети заботились о других и вместе с тем могли постоять за себя. Чтобы они были независимыми и вместе с тем умели строить взаимовыгодные плодотворные отношения.

Это причастие.