Склоняется только последний компонент имени: Ким Чен Ира, Ким Чен Иру, Ким Чен Ира, Ким Чен Иром, о Ким Чен Ире.
Запятая не нужна: оборот с как образует именную часть сказуемого.
Пунктуационное оформление корректно.
Основной вариант: К ним пришел молодой врач. Если автору важно подчеркнуть, что это женщина, и по контексту других способов нет (например, нет имени собственного), то возможно: К ним пришла молодая врач. Правила см. в "Письмовнике".
Если это вопросительное предложение, то да, конечно, ставится.
Верно без запятой: Они разговаривали с ним как с хорошо знакомым человеком. В этом случае оборот с союзом как употреблен при сказуемом, требующем конкретизации, имеет значение отождествления или приравнивания, как в примерах: Вот почему она смотрела на землю как на юдоль скорби (Нов.-Пр.); Она воспринимала мать как старшую сестру и т. п. См. параграф 90 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.