Слово собор в значении 'храм' пишется со строчной буквы: собор Преображения Господня. С прописной буквы слово собор пишется только в названиях церковных праздников.
Корректно: особый отдел краснознаменного Балтийского флота.
И с прилагательным, и с существительным используют оба предлога.
Правильно: Никаких особых требований не предусмотрено.
Это предложения разговорной речи. Д. Э. Розенталь писал: «Различные трудности возникают при пунктуационном оформлении текстов разговорной речи. В некоторых случаях представляется возможным находить какие-то соотношения между конструкциями разговорной речи и конструкциями речи книжной (кодифицированного литературного языка), проводить аналогию между теми и другими; иногда такое сопоставление невозможно и приходится искать особые критерии для решения вопроса о знаках препинания в текстах разговорной речи».
Руководствуясь предложенными Дитмаром Эльяшевичем принципами, предложим два варианта пунктуации:
Я вам, что, нищий — одну машину иметь?
Я тебе что? Иисус, по воде ходить?
Полагаем, что последняя часть (одну машину иметь, по воде ходить) представляет собой простое предложение в составе сложного, поэтому его нужно отделить знаком препинания — запятой (как знаком, обозначающим границы синтаксических единиц) или тире (как знаком, не только показывающим границы, но и сигнализирующим об особой интонации и/или смысловых отношениях). Ср.: Я же не нищий, чтобы одну машину иметь?
Предшествующую часть можно трактовать по-разному: как предложение Я вам нищий, которое разрывается вопросительным что, или как вопросительную фразу Я вам что? (ср. с предложением из справочника Д. Э. Розенталя: А кино, что, сегодня не будет? — А кино, что? сегодня не будет?).
Запятая после структуры не требуется. В остальном пунктуация верна.
Да, кавычки поставлены правильно. Единственное сомнение вызывает "вспоротый" капот — ведь капот может быть в буквальном смысле вспорот, то есть распотрошен.
Корректно: Он обладал особой, неузнаваемой даже с близкого расстояния внешностью.