Если имеется в виду "мечтать о чем угодно, обо всем", запятая не нужна: ...могут мечтать о чем хотят, но на практике ничего не выйдет.
Правильно: ...с возможностью индексации ставки один раз в два года не более чем на 5 %.
Напомним правило:
Обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: разрыв их непосредственной связи и способствует выделению оборотов.
А теперь, собственно, к проблеме: считать ли слова "с помощью" и "при наличии" производными предлогами? В словарях эти сочетания обозначаются как выступающие "в значении предлога", но не как собственно прелоги. В чем различие? В том, что в русском языке возможны полноценные словосочетания помощь друзей и наличие друзей, в которых слова помощь и наличие - главные компоненты; настоящие производные предлоги таких сочетаний обычно не образуют. Сравните: благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от... (Согласны, в некоторых случаях образовать словосочетание получится, но это уже вопрос, скорее, к формулировке правила.)
Таким образом, на наш взгляд, в приведенных Вами двух последних примерах постановка запятой обязательной не является.
В связи с чем – союз. Запятая ставится перед союзом, но не после него: Его вина доказана, в связи с чем действия Иванова квалифицированы правильно.
Правильно: средство, средства. Никаких «недавних реформ» не было.
В связи с тем что – сложный союз, запятая перед что ставится при его интонационном распадении на две части.
Ваш вариант расстановки знаков препинания корректен.
Запятая не нужна.
