Не очень понятно, на каком основании поставлены кавычки. Если выделенные слова произносятся с иронией, то, действительно, кавычки можно поставить. Но по контексту этого не видно.

При отсутствии пояснительных союзов при пояснении и в самом деле предпочтительно тире, но в данном случае тире в предложении уже есть, а два тире, поставленные на разных основаниях, затрудняют понимание предложения, поэтому нужно поставить запятую: Чистое море, реликтовый лес, редкие растения и животные — это всё Приморский край, родина дальневосточных леопардов и уссурийских тигров.

Если позволяют условия контекста, можно вынести ряд форм именительного падежа, с которых начинается предложение, в отдельное высказывание — именительный темы: Чистое море, реликтовый лес, редкие растения и животные. Это всё Приморский край — родина дальневосточных леопардов и уссурийских тигров.

Запятую нужно переставить: С днем рождения, любимый город Москва!

Это оборот собственно русский. Слово свет употребляется здесь в значении 'земля со всем существующим не ней, мир, вселенная', а клин – 'маленький участок земли малоземельного крестьянина'. Первоначальный смысл оборота свет не клином сошелся такой: «земля широка, просторна, представляет большие возможности для какой-либо деятельности». А широко известная песенная строка на тебе сошелся клином белый свет – утверждение огромной значимости любимого человека для лирического героя (все мысли замыкаются на любимом человеке, подобно тому как весь мир сходится на маленьком клочке земли).

Корректно: Вы должны отдать предпочтение цветам, фруктам, животным... Выбор безграничен. Возможны варианты: рубашка с пуговицами / на пуговицах.

В целом согласны с Вами. Слово традиционный толкуется через отнесение к традиции. Традиция связана с обычаями людей, общества, но не природы, поэтому некорректны фразы: В октябре традиционно выпал снег; Это традиционное для лесов Амазонии животное. Однако фраза Это традиционное для русского крестьянства животное небезупречна, лучше так: Это традиционное для русского крестьянского хозяйства животное. При этом сочетание нетрадиционная сексуальная ориентация, уже закрепившееся в языке, не воспринимается как ошибочное. Прилагательное нетрадиционный допустимо в нем, потому что возможно восприятие названного явления как проблемы культуры.

Запятая нужна, чтобы закрыть придаточную часть, находящуюся внутри главной. 

Глагол умереть применим и к животным тоже.

Вот примеры из классиков.

Мыши вообразили себе, что кот умер, и высыпали из всех своих нор, чтобы праздновать свое торжество. Но кот не умер, а только притворился умершим, чтобы тем удобнее рассмотреть своих врагов и узнать их норы (Салтыков-Щедрин). Бакай хотел мне что-то сказать, но голос у него переменился, и крупная слеза скатилась по щеке ― собака умерла; вот еще факт для изучения человеческого сердца (Герцен). Собака умерла в сильных мучениях ― мысль о стрихнине была оставлена (Ходасевич).

Предложение Кот умер полностью корректно.