Предлог - в течение. Существительное в предложном падеже - в течении.
Вообще говоря, наречия на -о типа сильно пишутся раздельно с не-, если говорящий хочет усилить отрицание, и слитно — если он хочет подчеркнуть утверждение (см. параграф 149 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Отметим, однако, что в приведенных высказываниях, где сильно выступает как наречие степени, едва ли можно усмотреть утверждение признака «несильно» (попробуем заменить на синоним без не-: ??я слабо занят; ??ты слабо разочаровалась во мне), а потому в данном случае корректно только раздельное написание.
Такая пунктуация возможна, но два двоеточия в одном предложении нежелательны. Предложение лучше разбить на два.
В какой момент сотрудник задает себе вопрос? После того как он понял, что ему нужно сделать, но перед тем как ответить на вопрос «Зачем это нужно?».
