Правилен второй вариант. См. словарную фиксацию.
Запятая перед как нужна. Она отделяет части сложного предложения.
Правильно: запросить информацию у МВД, сделать запрос в МВД.
Речь о деле о хранении секретных документов — это так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен.
Слово чтобы в данном предложении является подчинительным союзом, который всегда пишется слитно. Раздельно пишется местоимение что с условной частицей бы (но я не могу сказать, что бы тебе следовало сделать).
Тире не нужно, поскольку между подлежащим и сказуемым есть частица не.
Ваш вопрос неясен: в примере глагол стоит в форме прошедшего времени.
Правильно: Настаивать на пункте, не относящемся к делу. Окончание предложного падежа – ем; окончание творительного падежа – им.
