Корректно: Нам нужно понять не только зачем мы это делаем, но и каким образом.

Это односоставное безличное предложение.

Очень интересный случай. Д. Э. Розенталь допускает постановку вопросительного знака, если вопросительная по цели высказывания часть сложноподчиненного предложения стоит после повествовательной и вопрос содержит сильно выраженную вопросительную интонацию (Скажите, пожалуйста, что это за огни? (Л.Т.); Я спросил, как же он стал отшельником? (М.Г.)) О предложениях с обратным порядком частей в правилах ничего не говорится. 

В практике письма встречается разное оформление предложений, подобных Вашему:

Какого же чёрта ты называешь это имя всуе? Я тебя спрашиваю! Пушкин ― это поэзия, а не проза! Ты меня слышишь, Овалов? [Б. Минаев] 

Куды ты его денешь? Куды? ― Я тебя спрашиваю! [В. Распутин] 

Небось чтоб на сале жаренная? На сале, я тебя спрашиваю?! [О. Павлов]

Чем, черт меня подери, похож я на влюбленного? Ну чем, я тебя спрашиваю! Похож я на него хоть чем-нибудь?.. [А. Вампилов]

Вариант с вопросительным и восклицательным знаками, хотя и не соответствует интонации конца предложения, но однозначно показывает, что в предложении соединены разные по цели высказывания части. Такое оформление в выборке примеров Национального корпуса русского языка преобладает. При отсутствии кодификации полагаем, что вариант с вопросительным и восклицательным знаками можно признать допустимым.

Употребление предлога "изо" вместо "из" перед определенными словами регламентируется словарями. Слово "Львов" в перечень таких слов не входит.

Согласно правилу (см. § 186), в названиях монастырей, храмов, икон пишутся с прописной буквы все слова, кроме родовых наименований (церковь, храм, собор, лавра, монастырь, семинария, икона, образ) и служебных слов. Орфографически верно: церковь Кайзера Вильгельма.

Это суффиксальные образования с гаплологией.

Такое оформление прямой речи возможно. В справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация» приведено такое правило:

Если авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, то они начинаются с прописной буквы:

— Скорей, загорелась школа! — И он побежал по домам будить людей.

Названные Вами конструкции предложениями не являются, поэтому рекомендовать определенную падежную форму нельзя.

См. вопрос 221381.

1. Правильно: Просим указать, в соответствии с каким нормативным документом выдвинуто данное требование.
2. Правильно.