Если ударение падает на я, то окончание дательного падежа -е: Альфия́ — Альфие́.
Ударение в названии поселка и аэропорта падает на второй слог: Храбрóво.
Предпочтителен родительный падеж: я не заметила в ней недостатков. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Формально это родительный падеж. В действительности - "остатки" исторической формы двойственного числа именительного падежа.
Именительный падеж предпочтителен, он удобнее для читателя. Можно поправить: ...в ней различаются пять стадий...
Если смысловой акцент в этом предложении падает на слова полный задумчивости, запятая не нужна.
Оба варианта верные. В варианте, где ударение падает на первый слог, буквы ё нет.
В формах косвенных падежей ударение падает на окончание: кулЯ, кулЮ, кулЁм и т. д.
Верная форма творительного падежа единственного числа слова вожжа: вожжой (ударение падает на последний слог).