Оба словаря являются авторитетными изданиями, отражающими современную письменную норму. Вы можете ссылаться на любой из них: не думаем, что в рекомендациях этих словарей Вы найдете большое количество разночтений (если они и обнаружатся, то, скорее, будут касаться недавно заимствованных слов, очень часто испытывающих колебания в написании). Все авторы включенного в список Минобрнауки орфографического словаря принимали участие и в работе над «Русским орфографическим словарем» под ред. В. В. Лопатина: Бронислава Зиновьевна Букчина – один из авторов 1-го издания словаря (1999), Людмила Константиновна Чельцова – один из авторов и 1-го, и 2-го издания (2005), Инна Кузьминична Сазонова – один из рецензентов «Русского орфографического словаря».

Таким образом, принципиальной разницы – на какой словарь ссылаться – нет: авторский коллектив фактически один и тот же. Впрочем, если Вы корректируете официальный документ, имеет смысл указывать словарь Б. З. Букчиной, И. К. Сазоновой, Л. К. Чельцовой, т.к. в приказе Минобрнауки речь идет о словарях, в которых содержатся нормы русского языка как государственного. В повседневной редакторско-корректорской практике рекомендуем Вам пользоваться «Русским орфографическим словарем»: его словник полнее и включает в себя многие слова, недавно заимствованные русским языком и вызывающие особые трудности в написании.

Корректно: Премия выплачивается сотруднику при соблюдении следующих условий: выполнение сотрудником своих рабочих обязанностей; наличие у сотрудника...

В форме списка (то есть при размещении каждой характеристики на отдельной строке) перечисление может быть оформлено так, как указано Вами.

Эти слова пишутся со строчной (маленькой) буквы: ...награжден дипломом "За стойкость и мужество".

Верно: проинформирована.

Такой реквизит документа, как заголовок, пишется с большой буквы.

Оба варианта неудачны. 

Дело в том, что морфемный разбор делают в школе, а там понятие морфа не вводится, морф и морфему не различают. Более того, само понятие морфемы для школы относительно новое. Загляните в учебники: во многих из них предлагается выполнить даже не морфемный разбор, а разбор слова по составу. При этом понятие морфемного разбора вряд ли можно признать неправильным. В слове выделяются морфы как представители морфем. Для этого морфы данного слова должны сопоставляться с морфами тех же морфем в других словах. То есть при разборе слова по составу (по морфам) мы от «морфного» уровня неизбежно поднимаемся на морфемный. 

Слово подводка в значении 'подводная лодка' нужно было употребить в сочинении в том случае, если в тексте, который комментирует автор сочинения, употребляется именно это слово. В толковых словарях, доступных нам, существительное подводка в значении 'подводная лодка' не зафиксировано. Слово подлодка имеет разговорную стилистическую окраску, поэтому в сочинении оно нежелательно, предпочтительнее использовать названия без разговорной окраски.