В обоих случаях обороты с предлогом по сравнению могут обособляться или не обособляться, оба варианта будут верны. Однако в середине предложения (как в приведенных случаях) такие обороты чаще обособляются.
Подробно см. в "Справочнике по пунктуации".
Орфографически верны оба варианта: Иннокентиевна и Иннокентьевна. Главное, чтобы у конкретного носителя отчества во всех документах написание было единообразным: либо только формы с И, либо только формы с Ь. Это важно с юридической точки зрения.
Верны оба варианта: те, кто отличается и те, кто отличаются. При множественном числе соотносительного местоимения главного предложения (те, все) сказуемое в придаточном предложении при подлежащем кто может иметь форму как единственного, так и множественного числа.
Верны оба варианта: те, кто едет и те, кто едут. При множественном числе соотносительного местоимения главного предложения (те, все) сказуемое в придаточном предложении при подлежащем кто может иметь форму как единственного, так и множественного числа.
Верны оба варианта. В случае пробки от бутылок предлог от употребляется в значении, указанном в толковом словаре под номером девять. В случае пробки из бутылок имеется в виду значение предлога из, указанное под номером один.
Оба варианта верны, поскольку существительное инструмент может обозначать один предмет (молоток - это инструмент), а может указывать на совокупность предметов, в собирательном значении (собрать свой инструмент). Но все же предпочтение следует отдать варианту набор инструментов.
Верны оба варианта: фильм получил «Оскар» и фильм получил «Оскара». Но: фильм получил премию «Оскар». См.: Зализняк А. А. Грамматический словарь русского языка. 5-е изд., испр. М., 2008.
Верны оба варианта.
В винительном падеже перед словами, начинающимися согласными (кроме форм местоименных слов всё, всю, все, всех, что), употребляются предлоги о и об: споткнулся о порог и об порог; ударился о камень и об камень.
1, 3. См. «Письмовник», раздел «Какой падеж нужен при отрицании?».
2. Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное. Подробнее см. в «Письмовнике», раздел «Изучать микробов или микробы? Одушевленность существительных».
Ваши предположения верны: после слова третьего нужно поставить запятую. Названия районов, областей и т. д., обозначающие местонахождение поселков, деревень и т. д., относятся к уточняющим обстоятельствам, см. параграф 22.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.
