Правильно: по Федеральному государственному учреждению «Институт биологии».
Такое употребление некорректно. Верно: продать по дешевке.
Прародитель – тот, от кого ведётся начало какого-либо рода; родоначальник. Назвать родителей или бабушек и дедушек прародителями можно разве что в шутку (ср. просторечное шутливое предки в значении 'родители').
Верно: назначить уполномоченным по качеству Петрову Анну.
Да, запятую надо поставить.
Слова защита и содействие управляют разными падежами, поэтому, если объединять их в одном названии, писать надо так: по защите студентов и содействию им.
Для подчеркивания интонационно-логической паузы можно поставить двоеточие.
В деловой речи устоялась первая из указанных Вами моделей. Однако она двусмысленна, поэтому в реквизитах деловых документов желательно название должности и организации помещать на разных строчках, а в текстах избегать подобных конструкций.
Запятые не нужны, слова по сути в данном случае не являются вводными: якобы предоставляя им возможность работы, а по сути переводя их в рабское состояние...
Запятая перед по не нужна.