С исторической точки зрения все три слова (сочетание, сочетать, вычитать) являются однокоренными. Современные словообразовательные словари выделяют в слове сочетание корень сочет- и считают его производным от глагола сочет-а-ть. 

1. В названии исторической эпохи или исторического события правильно писать прописную букву: Крестовые походы, Первый крестовый поход и т. д. 2. Кавычки не ставятся. 3. Правильно со строчной буквы.

По общему правилу названия должностей, званий, титулов пишутся со строчной буквы: король польский, великий князь литовский. Прописные буквы возможны в стилистических целях (например, если в историческом романе будет воспроизведена ситуация официального титулования).

Морфемно-орфографический словарь А. Н. Тихонова предлагает такой разбор: преисполн-и-ть, распростран-и-ть, восхит-и-ть, предвод-и-тель. Разумеется, с исторической точки зрения во всех этих словах есть приставки, но в современном русском языке выделение приставок в этих словах сомнительно.

С точки зрения системы современного русского языка в слове Смирнов выделяются корень смирнов- и нулевое окончание. С исторической точки зрения в этом слове можно выделить приставку с-, корень мир-, а также суффиксы -н- и -ов- + нулевое окончание. 

В историческом корне слова презирать происходит чередование гласных и нуля звука: -зер-/-зир-/-зор-/-зр- (зеркальный, созерцать, взирать, надзирать, надзиратель, озирать(ся), презирать, взор, обзор, зоркий, зрение, обозрение, подозревать, презрение, прозрачный, невзрачный). Корень -зир- без ударения пишется перед суффиксом -а-.  

С исторической точки зрения все эти слова действительно однокоренные. Они восходят к праславянскому *lǫс- , откуда глагол *lǫčiti, первонач., вероятно, "гнуть, связывать", в сложениях с приставками оtъ (см. отлучить), *оrz (разлучить) получил знач. "разделять". 

В собственных именах выделяется основа и окончание. Вопрос о том, членятся ли основы собственных имен на морфемы, в науке дискуссионный. Историческая структура многих фамилий очевидна, например: Черняк, Белокурова, Иванов, Сидоренко. Вполне прозрачны словообразовательные связи и структура собственных имен персонажей Варенуха, Римский, Лиходеев.

Словосочетание гражданская война пишется строчными как родовое название, определяющее характер войны (в этой стране высока вероятность гражданской войны). С прописной пишется первое слово этого названия, если речь идет об историческом событии: Гражданская война в России 1918–1920, Гражданская война в США 1861–1865.

Глагол выяснить в значении 'сделать ясным, понятным' может сочетаться со словом источник в значении 'то, что дает начало чему-либо'. Ср. у В. В. Проппа: «Другими словами, наша цель — выяснить источник волшебной сказки в исторической действительности».