Правильно: в муниципальном образовательном учреждении «Эммаусская средняя общеобразовательная школа», расположенном по адресу... Согласование с родовым словом учреждение. Ср.: в кинотеатре «Победа», расположенном по адресу...
Известность или неизвестность названия – важный фактор, влияющий на его склоняемость/несклоняемость в сочетании с родовым словом. Топоним Комрат не является хорошо известным, поэтому его лучше оставить несклоняемым: в городе Комрат. Впрочем, если текст ориентирован на читателей, которым хорошо знакомо это название (например, на молдавских читателей), то его можно и склонять.
Рекомендации справочных пособий относительно склонения географических названий в сочетании с родовым словом разнятся. Но всё-таки будем следовать рекомендациям А. В. Суперанской как одного из наиболее авторитетных отечественных специалистов в области ономастики и топонимики. Ответ на вопрос № 201229 исправлен.
Если нет родового слова, название склоняется: в Духовницком, из Духовницкого. Если родовое слово поселок есть, название лучше не склонять. Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, если род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают: в поселке (мужской род) Духовницкое (средний род).
Если официальное название лекарства употребляется с родовым словом (лекарство, препарат и т. д.), то оно пишется в кавычках с большой буквы и не склоняется: Применение препарата "Флемоксин".
Название склоняется в сочетании с родовым словом: в городе Светлом, из города Светлого.
Название Газпромбанк пишется без кавычек. Но (с родовым словом): акционерное общество «Газпромбанк».
Рекомендации справочных пособий разнятся. «Словарь грамматических вариантов русского языка» Л. Граудиной, В. Ицковича, Л. Катлинской предлагает не склонять названия пустынь в сочетании с родовым словом. В то же время «Словарь географических названий» А. В. Суперанской рекомендует в такой же ситуации изменять по падежам названия пустынь женского рода: в пустыне Сахаре. Однако на практике чаще встречается несклоняемый вариант: в пустыне Сахара.
Правильно: города Люберцы. Географические названия в сочетании с родовым словом не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме множественного числа.
Правильно: в городе Шахты, в городе Зверево. Географические названия в сочетании с родовым словом не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа. Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом.