Правильно: период 2008–2009 годов.
В правилах орфографии нет запрета на перенос имен собственных, их делят на части для переноса, следуя общим рекомендциям. Предложенные в вопросе варианты переноса корректны.
Поскольку без родового слова яблоня, яблоки этот сорт употребляется редко (нечасто говорят: Я посадил богатырь), то лучше писать с кавычками.
Правильно: ко́дов. Во всех формах слова код ударение падает на основу.
Да, это однокоренные слова с чередованием в корне.
В корне сед(сес)/сид(сиж) без ударения пишется е перед твердым д, пишется и перед мягким д, напр.: седок, сидеть.
И с к л ю ч е н и я: е перед мягким: седельник, седельце, чересседельник, седельный; и перед твердым: сидушка, высидка, высидной, высидочный.
П р и м е ч а н и е 1. Под ударением может быть и и, и е: сидя, сесть, присед.
П р и м е ч а н и е 2. У корня сед- есть омоним: сед-ой.
П р и м е ч а н и е 3. Полный корень сед(сес)/сид(сиж)/сяд(сад), вариант сяд- выступает только под ударением: сяду, присядка.
П р и м е р ы. Слова с корнем сид[д’]-: сидеть (и с приставками: высидеть, досидеть(ся), засидеть(ся), насидеть(ся), обсидеть, отсидеть(ся), пересидеть, посидеть, подсидеть, просидеть, рассидеться) и производные (сиделец, сиделка, сиденье, сидмя, сидячий, посиделки и т. п.). Слова с корнем сед-: восседать (и с другими приставками: заседать, наседать, оседать, приседать, проседать), седлать (и с приставками: переседлать, расседлать), дозаседаться, седалище, седалищный, седок, седло, заседатель, председатель.
Можно сказать, что написание этого слова проверяется в словарном порядке (как и написание однокоренных слов седло, оседлый). Ударный гласный Е есть в однокоренном слове сел, сели, села.
Не хватает запятой перед словами не подлежат. В остальном пунктуация верна.
