Корректно: на берегу реки Упы.
Для того чтобы понять, обособляются ли слова в свою очередь, требуется более широкий контекст. Пожалуйста, воспользуйтесь "Справочником по пунктуации".
С точки зрения русского языка глагол течь многозначен, поэтому нет ничего странного в таких его значениях, как "перемещать, нести свои воды (о реке, ручье и т. п.)" и "перемещаться по специально оборудованным коммуникациям (о жидкостях, паре, газе и т. д.). Слышно, как вода течёт по трубам. Газ течёт по трубопроводу. Электричество течёт по проводам". Кстати, существительное ток также образвано от глагола течь.
Тире в этом случае выступает как пунктуационный (не "технический") знак, после него ставится пробел.
Мужские и женские фамилии на -а, -я неударное, как правило, склоняются.
Пунктуация зависит от строя предложения.
Не всегда. Постановка запятой зависит от синтаксического строя предложения.
Ваш вопрос слишком объемный, чтобы ответить на него в режиме «Справочного бюро». Пожалуйста, воспользуйтесь справочниками (например, Д. Э. Розенталя или В. В. Лопатина).
