Правильно: во второй половине III – начале II тысячелетия до н. э., в конце ХІХ – начале ХХ века.

Запятая после веков не требуется.

Если автор намерен придать приложению современник Льва Толстого  дополнительное обстоятельственное значение, например выразить смысл 'хотя он был современником Льва Толстого' или 'поскольку он был современником Льва Толстого' (в контексте нет лексических или грамматических показателей, однозначно указывающих только на одну трактовку), это приложение нужно отделить от определяемого слова запятой: Современник Льва Толстого, Бунин нередко спорил с историей, с веком, с современниками. Если автор намерен лишь соотнести время жизни двух писателей, обособление не требуется: Современник Льва Толстого Бунин нередко спорил с историей, с веком, с современниками. 

Да, фонетический слог надо отличать от слога для переноса. Речь в предыдущем вопросе шла именно о переносе слова. Определение границ слога – проблема фонетики, а правилами переноса занимается орфография. Конечно, в большом числе случаев перенос слов осуществляется в месте слогораздела, но в ряде случаев слог для переноса и фонетический слог могут не совпадать. Например, по правилам переноса следует разделить одинаковые согласные буквы: ван-на, кас-са; граница же фонетического слога проходит перед этими согласными.

Но и на вопрос, как разделить на слоги слово морковь, нет однозначного ответа. Слогоделение – одна из главных проблем слога в русском языке, и в лингвистике есть несколько концепций. По одной из них, в русских словах слогораздел во всех случаях (кроме сочетаний с j) проходит после гласного (мо-рковь). По другой, если после непарных звонких ([л], [л'], [м], [м'], [н], [н'], [р], [р']) следует парный по глухости / звонкости согласный, граница слогов проходит между согласными (мор-ковь). Конечно, учитель или учебник могут следовать первой концепции, но слогоделение согласно второй концепции точно нельзя считать ошибкой. Повторим, вопрос этот в современной науке о языке дискуссионный.

Запятая не нужна.

Варианты равноправны.

Ваш вариант пунктуации возможен.

Эти названия не склоняются. Ср. Сочи.