Такого органа – Федеральная служба юстиции – в нынешней структуре федеральных органов исполнительной власти Российской Федерации не существует. Есть Министерство юстиции Российской Федерации (Минюст России), в структуре которого – Федеральная служба исполнения наказаний (ФСИН России) и Федеральная служба судебных приставов (ФССП России).

Ни один из органов исполнительной власти России не имеет сокращения ФСЮ. Возможно, речь идет не о властной структуре? Или о властной структуре в какой-либо другой стране (не России)?

Прилагательное «уголовный» было введено в правовой лексикон в последней четверти XVIII века. Его происхождение является двояким: с одной стороны, оно восходит к юридическим памятникам Древней Руси, употреблявшим такие термины, как «голова» (убитый человек), «головник» (убийца), «головщина» (убийство), «головничество» (вознаграждение родственникам убитого), с другой стороны — к латинскому прилагательному capitalis (от caput — голова, человек, индивидуум), которое в римском праве входило в названия наиболее суровых видов наказаний, связанных со смертной казнью, лишением свободы или римского гражданства. (Источник: Википедия.)

Запятая не требуется. Должность и звание – неоднородные приложения.

При наличии двух обстоятельств времени второе из них может не служить для ограничения понятия, выраженного первым, а значит, запятая может не ставиться. Сравним примеры из параграфа 22.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Завтра, в шесть часов вечера, состоится заседание кафедры. — Заседание кафедры состоится завтра в шесть часов вечера. Уместность запятой зависит, очевидно, от общего контекста высказывания и (или) авторского замысла, например стремления акцентировать первое обстоятельство. 

Закрепилось произношение драконовские (законы, меры, наказания). Возможно, это произошло под влиянием существительного дракон, с которым многие соотносят прилагательное. С ударением на о слово драконовский было впервые зафиксировано в «Словаре русского языка, составленном Вторым отделением Академии наук», изданном в 1895 г. М. Фасмер предполагал, что прилагательное могло прийти через французский язык (draconique) или немецкий (drakonisch).

От имени Дракон должно было образоваться прилагательное драконов (ср.: ахиллесова пята, ахиллово сухожилие, дамоклов меч), и оно отмечается некоторыми словарями как синоним к прилагательному драконовский с пометой устаревшее.

Как правило, указание на часть речи помогает разграничить союзы и союзные слова, выделить составные сказуемые и подлежащие. В остальных случаях можно указывать часть речи при необходимости.

Правилен второй вариант. Поскольку в этом случае внутри вставной конструкции находится вставная конструкция, каждую из них следует закрыть отдельной скобкой.

Запятая нужна, знаки препинания расставлены верно.