Правильно: лежали.
Обособление оборотов с предлогом в связи фукультативно (не обязательно).
Слова обычно, в основном не являются вводными и не обособляются.
Союз а именно вводит в предложение пояснительные члены или придаточные предложения, которые выделяются с двух сторон запятыми вместе с союзом. За союзом при перечислении или пояснении может следовать двоеточие. Например: На столе лежала женская одежда, а именно: шляпка, чулки, кофточки, юбки... Также слова а именно могут быть союзом с частицей. В этом случае запятая требуется перед союзом а: Он говорит не вообще о рыбачьих промыслах на Черном море, а именно о Дубининских промыслах.
О словах главным образом см. ответ № 203135 .
Причём – не вводное слово, а союз, запятая после него не ставится: К поезду она всё же успела, причём билет так и остался лежать на столике в гостиной.
Да, можно.
Справочное пособие Д. Э. Розенталя, безусловно, никто не отменял, но, пользуясь им, надо помнить, что книга эта была составлена еще в середине прошлого века, поэтому некоторые рекомендации ее устарели. Конечно, справочник много раз перерабатывался и редактировался, но всё же некоторые рекомендуемые им написания не соответствуют современным нормам письма. Это касается и аббревиатурных названий производственных марок: сейчас нормативно их написание без кавычек. И, кстати, в 7-м, переработанном и дополненном, издании справочника Д. Э. Розенталя «Прописная или строчная?» (М., 2005) зафиксировано именно такое написание, без кавычек: ЗИЛ-130, Ту-144, Ил-18 и т. п. – то есть в данном случае приведены рекомендации, не противоречащие другим справочникам по правописанию.
Выражение, видимо, не вполне удачно. Ведь ливни и грозы - это "часть стихии", не так ли? Иначе в чем же состоит сама стихия?
СТИХИЯ, -и; ж. [от греч. stoicheion - первоначало, элемент]
1.
Явление природы, обладающее часто разрушительной силой, которой человек не в состоянии противостоять или покоряемой с большим трудом. Водная с. В воздушной стихии. С. огня. С. разгулялась, разбушевалась.
2. У древнегреческих философов-материалистов:
один из основных элементов природы (огонь, вода, воздух, земля),
лежащих в основе всех вещей.
3.
Могучее, слепое чувство или инстинкт, подсознательное начало у человека. С. любви. С. чувств.
4. чего или какая.
Явление общественной жизни, не поддающееся регулирующему воздействию людей, общества. С. рынка. С. инфляции. С. конкуренции. С. роста цен. //
Общественная среда, плохо поддающаяся оформлению, руководству, целенаправленному движению. Мелкобуржуазная с. Крестьянская с. С. забастовщиков. С. партизанского движения.
5. кого-чего или какая.
Привычное окружение, среда существования. Вода - с. рыбы. Ночная с. летучих мышей. Воздушная с. орла. Изъять из родной стихии. //
Привычный, любимый круг занятий, интересов и т.п., область знаний, деятельности, особенно близкая кому-л. Поэзия - его с. Музыка - с. музыканта. Сидячая работа - не моя с. Попал в свою стихию. < Стихийный (см.).
Большой толковый словарь
1. Офиц.
Общее согласие, лежащее в основе подписания международного договора, выработанное в ходе обсуждения участниками переговоров.
2. Книжн.
Согласие, единодушное принятие чего-л. Достигнуть консенсуса. Прийти к консенсусу. < Консенсусом, в зн. нареч.
(2 зн.). Решить что-л. к. Консенсуальный, -ая, -ое. К-ое решение проблемы. Консенсусный, -ая, -ое. Договор на консенсусной основе.
Лежи!
Лечь.