Само понятие "действующие правила русского языка" некорректно, таких правил просто нет в природе. Есть свод правил русского правописания, есть нормативные (академические) словари и грамматики.

Запятая нужна. Наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения.

Это сложное предложение. Перед союзом и нужно поставить либо запятую (по общему правилу), либо тире (как знак, выражающий значение результата, следствия).

Вероятно, ненормативный характер носит проект, поэтому корректно: Департамент рассмотрел проект приказа Министерства, подготовленный в рамках исполнения мероприятия «АБВГД» внутреннего (локального) проекта и носящий ненормативный характер.

У многих слов, оканчивающихся на -ированный, наблюдается конкуренция вариантов с ударением на и и с ударением на о. Ударение на и, как правило, новый вариант, ударение на о — старый. В некоторых случаях правильным по-прежнему признается только ударение на о (гофриро́ванный), а в некоторых случаях оба варианта фиксируются словарями как нормативные (ненорми́рованный и ненормиро́ванный). 

В слове костюмированный пока тоже возможны оба варианта: старое ударение костюмиро́ванный сменяется новым ударением костюми́рованный. И словари эту динамику нормы и конкуренцию вариантов отражают. В разных изданиях отдается предпочтение разным вариантам — в том числе и в недавно представленных словарях государственного языка. Орфографический словарь русского языка как государственного фиксирует костюмиро́ванный, а орфоэпический словарь — костюми́рованный. Это не недостаток словарей, а свидетельство объективно происходящего в языке процесса. Ни один из вариантов сейчас нельзя считать ошибочным.

Если вопрос о пунктуации, то знаки препинания расставлены верно.

Если человек одновременно является и главным специалистом, и педиатром в структуре Министерства здравоохранения, то рассматриваемые сочетания образуют двойное название должности, между частями которого ставится тире. См. пункт 1 параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина, где в качестве примера приводится название должности директор — художественный руководитель. 

Помета м. в словарях означает, что данное слово – существительное мужского рода.

При наличии в конструкции слов вместе, совместно употребляется форма единственного числа сказуемого: «организация Х» совместно с представителями Министерства финансов (обратите внимание: финансов со строчной) РФ рассмотрит список предложенных вопросов и обсудит их во время семинара.

Корректно: Министерству образования и спорта представить предложения по обеспечению всех образовательных организаций, в том числе в сельской местности, спортзалами.